憧れていた艦隊勤務の辞令を受けた清水惣太郎少尉だったが、配属先は実戦部隊ではなく、安全な後方で試作兵器をテストしている特務艦『綾瀬』であった。惣太郎が赴任して翌日の深夜。久しぶりの演習へと向かう『綾瀬』は不意な低気圧に遭遇。嵐から過ぎ去った先は、彼らの知らない未知なる海域だった。そこへ突然、『綾瀬』に異形の姿をした謎の生物達が降り立ち襲撃を開始する。さらには速射砲をも装備する巨大飛行艇がその姿を現し、砲火を交える『綾瀬』。そしてそんな混乱の中、惣太郎の目の前で、巨大飛行艇から降下してきた、グリズリーと人間のキメラ、バルドゥールによって女性実験技師である雨宮レスティスが連れ去られてしまう。何故拐われたのかは、わからない。ただ唯一の手がかりは、バルドゥールの語った言葉、『古代人の女』であった。失意の中、周辺探索を命じられた惣太郎だったが、乗機の三七式水上偵察機は港湾都市プラージュ上空で１２機のリブル共和国海軍機に退路を阻まれてしまって……