15歳のアリサは、混沌としていながらも輝く東京に引っ越してきて、疎外感を感じていた。彼女の心のよりどころは、記憶や新しい印象をスケッチするスケッチブックだけだった。彼女の最初の数日は、おにぎりやラーメン、そして恐怖と希望についての静かな夜の思索が交錯する万華鏡のような日々である。アリサは新しい学校に通い始めるが、彼女の抱いていた日本の規律正しさへのイメージは一瞬で崩れ去る。彼女は、武内スザク――風変わりで大胆不敵、カリスマ性のある反抗児――が引き起こす混沌を目撃する。彼は生徒会長のキリトと公然と対立し、システムを嘲笑う。次第にアリサは、スザクの狂ったような行いが単なる悪戯ではなく、何かを隠しているシステムに対する入念に計画された行動なのだと理解し始める。スザクと、彼を謎めいた「特別クラス」へ送ると脅すソト校長との対立が始まる。