鶯谷真は、中学校教員として勤めるかたわら、ジゲンの研究をしていた。真が暮らす地球はジゲンⅢにあたり、それを含め四つのジゲンが存在する。真は幼少期に緑色の鍵に触れて、父をどこかのジゲンに飛ばしてしまい、負い目を感じていたのだ。 　新学期に、ジゲン同士をつなぐジゲンゲートが暴走した影響で、ジゲンⅡの住人で幼なじみのロロと再会する。ロロは、ゲートの暴走を止める者、スクエイアに任命された。スクエイアは各ジゲンに一人おり、四人が揃うことで初めて暴走を止められるという。 　スクエイアは誰なのか。果たして、ジゲンゲートの暴走は止められるのか。四つのジゲンがつながる時、真の不思議な日々が始まる。