一年以上付き合っていた彼氏にフラれ落ち込んでいた結希は、友達に、自分の恋愛が上手く行かないのは初恋の人を引きずっているせいだと指摘され、その人を忘れられないならもう誰とも付き合うなと言われてしまう。心の中で初恋を引きずってなんかないと否定するも、その人とのことが原因で人間関係が消極的になっている事は確かで、友達の指摘に誘発されるように、思い出さないように、考えないようにしてきたことが鮮明に蘇ってきて、結希はそれに苛まされることとなった。そんな中、初恋の人の弟達と再会し、実の弟のようにかわいがっていた彼らに昔と同じように接してこられて、結希はつい流されて彼らとの交流を復活させてしまう。それをきっかけに、結希の心境も次第に変化していき、今のままの自分は嫌だ、変わりたいと思った結希は、自分が囚われている過去にケリをつける決心をするのだった。

魔王が封じられていた黒水晶が砕け散りそれが黒い流星群となって空を駆け人々に降り注いだ日、王国の安寧は終わりを告げた。魔王復活の恐怖に怯えた民衆により、それまで人間と共存してきた魔族達は弾圧を受け虐遇を受けることとなり、罪のない多くの魔族が迫害され、虐殺され、そして、生きるためには奴隷になり人間に尽くすことを強要されることとなった。それは王都から遠く離れた辺境の地にまで及び、王国は悲劇と悪夢に包まれた混沌とした世界となった。そんな中、王国をもとの人間も魔族も平等に暮らせる平和な国へと戻すため、反乱軍が立ち上がる。復讐のため、反乱軍に参加したニトは、最終決戦を前に死んだと思っていた幼馴染のサヤに再会する。顔面に憎き敵の所有物であることを示す奴隷印をつけられた彼女に、その宿敵であるアルバートと現王エリオットを殺さないでと泣きつかれたニトは、彼女の話しを受け入れる事が出来ず、自分達の命乞いをさせるために自分のもとに彼女を送り込んできた敵に更なる憎悪を燃やすのだった。

世界の軛となっていた神が軛であることを放棄し、世界はまた終焉の時を迎えようとしていた。いつかその時が来た時のため、その神の代わりとなり軛の役割を果たすために創られた存在である末姫は、父から決断の時が来たことを告げられ、自分が軛となり世界を継続させるのか、軛とならず世界を終わらせるのかの選択を迫られる。どちらを選ぶのか即断することができなかった末姫は、自分の一部である沙依や、自分にとって特別な存在である長兄の想いや考えを知ることで、自分の意思を確認し、決断をするのであった。

祖父から相続した田舎の一軒家に引っ越す為、従兄弟たちと共にそこに訪れた哲は、ポストに入っていた自分宛の祖父からの手紙を受け取った。そこには、神様の願い事を叶えてあげて欲しいという謎の遺言が。そして実際にその家に暮らし始めた哲は、そこに住み着いていた自称神様の少女に出会う。その少女が神様ではなくただの幽霊だと思った哲は、祖父の遺言の意味を彼女を成仏させてやって欲しいということだと捉え、願いなんてないと言う彼女の未練を探る為に調査を始めるのだった。

幼い頃神隠しにあい人ならざる力を得て戻ってきた凛は、人々から忌避されるようになった。それでも変わらず、それ以前と同じ様に自分に接し、自分を虐めから守ってくれる淳太の存在を心の支えにしていた凛は、しだいに彼に惹かれていき、彼と想いを通じあわせる様になる。大人になったら結婚しよう。そう誓い合った二人だったが、様々な因果が二人が結ばれることを邪魔するのであった。

中学二年生の春休みを目前としたある日、仲の良い女友達に告白した奏太は見事にフラれ、意気消沈した。優秀な姉や友達と自分を比べ惨めになって、現実逃避をしたくなりながら迎えた春休み。かわいい女の子(灯)と知り合えて、一緒に受験勉強することになるも、どうせ自分なんてという僻みから、灯に頭良いんだねとか言われても素直に喜べなくて卑屈な態度を取ってしまい、奏太は心底自分が嫌になった。でも、そんな奏太に灯は親近感を覚えたのか、自分が親族から落ちこぼれ扱いされているという打ち明け話をし、そんな現実から逃げ出したいと愚痴をこぼす。灯の愚痴を聞きながら、ただの愚痴だと思って何も考えずに、彼女のこのまま一緒にどこかに行かないかという提案に気軽に良いよと答えてしまった奏太は、気が付くと全然知らない場所に連れてこられてしまっていたのだった。そこで知った自分を取り巻く現実。よく知っていると思っていた母や友達のことを自分は本当は何も知らなかったんだと痛感した奏太は、自分の事ばかり考えて逃げてないで、ちゃんと傍にいる人達と向き合える自分に成長しようと思うのだった。

大学受験を失敗した浩太がストリートパフォーマーになる為イタリアに飛んで一年以上の時が過ぎ。その間、花月と浩太は顔を合わせることもなくただ連絡を取り合うだけの超遠距離恋愛を続けていた。お互いにお互いが二人の夢の実現の為に頑張っていると信じる毎日。順調に実績を重ね、着実に思い描いた未来に近づいていると確信し喜ぶ浩太とは裏腹に、花月は未来に不安を抱き思い悩んでいた。 心の中で浩太に助けを求めながらも、花月は今まで通りができない自分を彼に知られたくないと、素直になれず。不安を抱え込み、落ち込んでいく。そんな花月の様子を案じたサクラハイムの仲間達に助けられ、支えられ、花月は今まで気が付かなかったものに気付き、改めて自分自身について見つめ直し、自分が望む未来がどんなものなのか考え、自分が歩いていく道を選ぶのだった。

無事全五室が入居者で埋まり、正式にシェアハウスとして運営が開始したサクラハイム。住人達の同居生活も二年目を迎え、それぞれの関係にも変化が現れる。浩太の花月に対する片想いはいつの間にか両想いに変化していたが、花月の無自覚や浩太のヘタレから関係は変わらず、二人は変わらない日常を過ごしていた。一方、花月に想いを寄せる一臣と遙はそんな二人の様子を間近で見ながら、自分の感情と目の前の現実にどう折り合いを付ければいいのか悩み、自分の気持ちの持っていき場所を模索していた。管理人の和実に恋する湊人は、彼女の普段の様子から自分は彼女にとって弟みたいな存在なんだろうなと認識し、近すぎる彼女との距離に苦しみ。その裏で和実は、湊人に惹かれつつも過去の恋愛経験から彼と関係を深めることに踏み出せず、自分の想いからも彼の想いからも目を背け、ごまかし続けていた。自分がバイセクシャルということに気付かれてしまうのではないかという恐怖から舞台に立つことに消極的だった光は、去年、健人に自分の秘密を打ち明けることでその恐怖を克服し、引退公演の舞台に堂々と立つ覚悟を決めたはずだった。しかし、いつまでもジュリエットを思いっきり演じることへの抵抗感が拭えず、その抵抗感を克服するために、遙の協力の下女装して生活を始める。女装生活中に出会った男性に惹かれ、そのことに思い悩む事になった光は、彼との交流を経て、自分がそういう性質を持っているということを自分自身がちゃんと受け入れることを決心し、前向きに生きていく事を決めた。それぞれの恋愛事情が動き出す、サクラハイムの二年目を綴った物語。

楠城浩太は、自分が想いを寄せる相手である篠宮花月が真田一臣にキスされている現場を目撃し、撃沈した。浩太は自分が見てしまった光景を見なかったことにし、いつも通りを装って生活をしつつ、花月が元気がないことが気になって遊びに誘う。そこで花月から話しを聞き、浩太は自分が目撃してしまったそれが真田の一方的な想いで、彼女が彼からの告白を受け悩んでいることを知る。まだ二人が付き合っているわけではないと知った浩太は、ここで自分も告白すればまだチャンスはあるかもしれないと思いつつ、結局告白できず、二人の仲が上手くいくように彼女の背中を押してしまうのだった。 サクラハイム物語の楠城浩太の恋の顛末を描いたお話し。

大学卒業後定職につかずたまにアルバイトをしながら実家暮らしをしていた西口和実は、ある日母から入院している叔母のお見舞いに行き身の回りの手伝いをしてこいと告げられる。そして叔母から、叔母が寮母を務める学生寮の様子を見てきて欲しいと頼まれ、学生寮最後の住人である風間祐二に不動産屋の松岡雄三が退寮しろと迫っている場面に遭遇してしまった。そこで寮を閉鎖しなくてはいけない事情と卒業まで寮にいられないと困るという風間の事情を知った和実は、何の気なしに口を挟んで巻き込まれ、学生寮をシェアハウスとして再建しなくてはならなくなってしまう。学生寮だったその場所をサクラハイムと名前を改め、そしてそこの管理人として、和実は住人集めから始め奮闘することになるのだった。

ある日、ターチェの国である龍籠で第一部特殊部隊隊長を勤めている田中隆生が特殊犯罪対策課を訪ねて来た。隆生の話しによると、術師をしていた友人の藤原元晴に夢枕に立たれ、生前彼が封印した強大な魔物が蘇りそうになっているから退治して欲しいと依頼されたという。それが本当ならあいつの代わりに退治してやろうかと思ってという隆生に頼まれ、特殊犯罪対策課の面々は藤原元晴について調査し、魔物が封じられているという場所の特定に取り掛かり、未確認の脅威に対応すべく動き出すのであった。

木村浩文は三十歳を目前にし、母の小言を受けて今の恋人とどうするのか考え始めた。母の言う通り自分はもう結婚して子供がいてもおかしくない年ではあるが、自分が三十でも彼女はまだ二十一でまだ遊んでたい年頃だろうしと考えたり、美人で家庭的で仕事もできる恋人に引け目もあったりと、浩文は彼女と結婚するか結婚するつもりがないなら彼女が若い内に別れるべきだろなんて考えて悩んでいた。恋人との関係に何かしらのけじめをつけなくてはと思いつつ、結局、結婚する覚悟も別れる決心もつけられないまま日々を過ごしていたある日、高校時代の同級生の志摩史乃に再会する。そして史乃が何か問題を抱えているのを感じ、悩みつつ、浩文は恋人といったん距離を置くことに決め、一人で史乃が抱える問題を調査し彼女を助けるために動き出す。その中で浩文は自分の心の整理をし、どうするのか心を決めていくのであった。

特殊犯罪対策課の課長、木村浩文はいったいこの部署が何をする部署か解らないまま、所属している職員は他部署への応援に出し、自分は日々情報整理に生を出して、その部署を存在意義の解らないただの雑用部署として機能させていた。そんなある日、浩文はいつも通りの情報整理をしながらその中に引っかかる物を見付け、他部署への応援に出していた職員を招集し、そして特殊犯罪対策課の活動の方向性を定める事となる最初の事件に取り掛かるのであった。

一族が実験台にされた研究で唯一生き残り、その身に人ならざる力を宿した勢三郎は、捕らえ、逆らえないよう呪印を施され、従順な道具となるよう育てられた。そうして人生を諦め生きていた勢三郎は、ある時魔物退治の仕事で山に入りそこでとても美しい女の姿をした魔物に出会った。彼女の優しさに触れ彼女に惹かれた勢三郎は、彼女との交流を重ね、彼女もまた自分と同じように死ねないから生きているだけで本当は死にたがっていると感じ、彼女と心中する夢を見た。結局、魔物を殺すことができなかった勢三郎は、生け捕りにして連れて帰るという言い訳をして、彼女を連れて旅に出た。そんな勢三郎に魔物と番って子供を作れとの命令が下る。仕事と自分の想いの狭間で苦しみ、それでも想う人との生活に幸せを感じながら、勢三郎は苦悩し、自分の生き様をどうするか決めていくのであった。 正蔵沙衣の最初の夫、清原勢三郎の生涯を綴った物語。

葛霧の国の巫女姫である和葉姫は、国主である父と魔物との盟約により十五になれば生け贄になることになっていた。それを哀れに思った兄に国外へ追放され、和葉は一人旅立つことになる。旅の初めに鬼と出会った和葉は鬼と共に旅をし、色々な人と出会い、色々なことを知り、そして国を護るため魔物を倒すべく国に帰還するのだった。そうして鬼に恋したお姫様が魔物を倒し鬼と駆け落ちするまでの物語。

春李は幼馴染みの愁也に付きまとわれて辟易とし、それを見かねた沙依が解決に乗り出した。過去と向き合うことを決めた成得は寄宿舎を出て実家に戻る事に決め、友人達に手伝ってもらいながらずっと使用していなかった実家の大掃除に繰り出す。隆生と沙依がノリで大々的に調理対決をすることになり、成得は巻き込まれて前座で第二部特殊部隊の面々と序列決定戦をさせられるはめに。戦争がなくなった龍籠に訪れた日常を切り取ったお話。

平和になった世界で成得は悪夢に苛まされていた。寝ても覚めても付きまとう悪夢に疲弊し、自分の存在意義さえも解らなくなりかけながらもなんとか日常を送っていた成得は、自分の過去や今まで逃げてきたもの、見ないようにしてきたものと向き合うことになり、それらを受け入れて前に進む決心をするのであった。

地上の神と人間の間に生まれた六人の兄弟。その長兄（太郎）と末妹（末姫）は長い時間を掛けてずっと諍いを繰り返していた。お互いに譲れない想いを抱きながら、数多の時間を繰り返し多くの者を巻き込みながら続けられたその兄妹喧嘩のあり方は、末姫の生まれ変わりである沙依が長兄の支配を破ったことで変革し終わりへと向かうのであった。

ある日、情報司令部隊の詰所に大昔に亡くなった山邊陽陰名義の報告書が送られてきた。いったいそれを送ってきた人物は何者なのか、目的は何なのか、その報告書に記された内容は事実なのか。報告書の真偽を確認するために初期捜査に出掛けた忠次が行方不明となり、それを追って沙衣は再び人間社会へ赴いた。人間社会では清水家により超能力者開発、研究が行われていた。その検体として冤罪で特殊監房送りになった杉村涼花。涼花の冤罪を晴らし助けようとする木村浩文。清水家の能力者開発の成果として作られた香澄は研究所に潜入した村上辰也に連れだされ彼の娘として生活を送ることになり、幼い香澄を父親から押しつけられた俊樹は周囲に振り回されながら奮闘する。それぞれがそれぞれの目的のために決断し、行動し、そしてそれぞれの未来へと歩みを進めていくのであった。

龍籠に戻ってきた沙依は恋人と別れた後、自身の身の振り方についてよく考え、ついに軍への復帰をはたした。そして隊長職を続けることに不安を抱えながらも日々奮闘する毎日の中、沙依は複数の人物から告白を受け、それが仕事にも影響し更に悩むこととなった。仕事での不安と、人生初めてのモテ期で沙依は混乱し苦悩しながら、自分の身の置き方を決めていくのであった。