曽て西暦時代のこと、ノアの大洪水と比肩するそれに、世界は再び襲われてしまう。大洪水の咢に食い千切られた世界は、残骸さながらの小さな島々に変貌を遂げた。 　生き残った命は僅かで、その中には人知れず地底で生きてきた者達もいる。大洪水の襲来から地上に逃れてきたのは、ヒトではあったが異形の亜人族達だった。 　大洪水は、生き残った者たちによって「天泣」と名付けられたが、それ以前の歴史は4,000年の時を経て忘れ去られてしまう。西暦時代は、当時の文明が海に滅した事実から天泣以前を海滅時代と称し、それ以降を神の契約履行のよって、大洪水が去ったことを歴史に残す為、神約時代とした。 　陸地は少しずつ頭を出して広がり、数多の島々が誕生している。クリスタッルムを核とした文明が、人々の生活や世界中で勢力を競い合う国家を支え、一方で海賊や山賊が猛威を奮い、力無き蒼氓を脅かし続けていた。 　この世界で大小の島々が生きるアトラス海に、小さな島国パークスがある。そこには、絶滅していた筈のあらゆる術をあやつる武人、忍者が生き残っていた。パークスの国主の長子ユキアは、国の新国策を認容できず、掟を破って国抜けをし、自ら海賊になる。 　ユキアはレオン王国の都市リスボアから神聖ラティウム皇国の首都レムスに向かう船に乗るが、海賊の襲撃に遭遇、国からの資格にも追い付かれ危殆に瀕するも、難局を乗り越えた。 　この事件でユキアは、聖遺物、魔遺物、幻玉等の不思議な力を持つお宝を狙う、トレジャーハンターの麗女キラと出会い。魔遺物ネフシュタンの魔片を海賊から奪取する冒険を依頼されるが……。