左腕が動かない警部補の輪炭陣平は、とある不思議な連続自殺を追っていた。 　あるとき上司である岩石九郎から、捜査の助けにと、家館鈴璃という女性を紹介される。彼女は自らを【まつかひをんな】と名乗った。 　鈴璃曰く、一連の連続自殺は全て魔女が引き起こしたものだと説明し、陣平を相棒へと誘う。魔女の存在など信じない陣平はその誘いを一蹴する。 　そんなある日、陣平の幼馴染みの玉城瑞希が不審死する。 　　まつかひをんなとは何なのか？ 　　これが、現代御伽魔術奇譚。

タイムマシンが開発された2045年アメリカ。そのタイムマシンを使い、過去に遡及し様々な時代で諜報活動を行うセパレーターと呼ばれる仕事に就いているデール・ウェストンは、近頃持病の偏頭痛に悩まされていた。 ある時デールはイギリスでの任務中に聞き覚えのない名前で呼ばれる。最初は気にも留めていなかったが、バーで出会った男に以前呼ばれた男とは別の名前で呼ばれる。 違和感を抱えつつもデールは仕事をこなしていく。 ある紛争地帯での任務中にまた別の名前で呼ばれ、頭痛が酷くなるデールは何かがおかしいと気付き、所属する会社の過去のエージェントの記録を閲覧する。デールが呼ばれた名の三人の男はそれぞれ既に死亡しているデールの仕事、セパレーターの前任者たちだった。前任者たちは記憶移植実験と呼ばれるプロジェクトに参加していた。 彼らとデールの間には一体どんな関係があるのか。