過去に大虐殺を起こした『荒廃の魔女』が災害の一つとなってから十数年が過ぎた。各地では体に紋章を持つものが「魔女の子」と呼ばれて差別されている。大学に通う神無月真（かんなづきまこと）も、過去に魔女の子と関わったことで苦い経験を持つ一人であった。魔女に対して歓迎するでもなく、忌避するでもないスタンスでいる神無月は、ある日書店のバイト先でシアという少女と出会う。不意の接触により、神無月は彼女の秘密を知ってしまうことになり――。 　シアと関わり出してからというもの、神無月の生活は少しずつ変わっていくことになる。やがてシアを狩ろうとしてやってきた魔女狩りたちに襲われてしまう。一度は命を落としたかと思えた神無月だったが、不思議なことに二日前の世界にタイムリープしていた。そして、殺される未来を変えるために、神無月は動き出す――！！