島国「日ノ本」。日ノ本は忍達の蜂起によって太平の世から一変、無法地帯となった。忍達の蜂起で力を持つ者が消えた結果、全国各地の忍が力を持ち始め、さらに賊が蔓延る劣悪な国となったのであった。そんな中、忍の支配から国を解放するための組織「滅忍」が結成された。村を襲われた経験を持つ泥雲は、滅忍の戦闘部隊「稲妻」の一員として忍者討伐に出向くのであった。

ガダン大陸ではある問題が起こっていた。覚醒者と呼ばれる強大な力をもつ者達が、国や人襲う、という事件が多発していたのである。 覚醒者を倒すことも捕らえることも出来ないままで覚醒者は謎に包まれた存在になっていた。 ヨーグにあるヨゴ村に住む少年はあるきっかけから覚醒者の謎を解くべく旅に出ることとなったのだった…。

時は、大陸歴1594年。ガダン大陸上で起こっていたヨーグ帝国と連合軍の戦い、「大陸総力大戦」が終わりを迎えた。長きに渡った大戦は多くの国に大きな傷跡を残した。 時は流れ、ヨーグ帝国内辺境の村で、両親を大戦で失った少年ソロンは趣味の釣りをしていた。 ソロンは釣りを終えて家に帰る途中、川岸に倒れている少女を見つける。ソロンは慌てて少女を抱えて、知り合いの医者ワイホの元へ運んだ。少し時間が経ち少女は目を覚ました。 少女は、自分は城から逃げてきた脱走者であり、どうか自分を匿ってくれないか、とソロンたちに頼む。少女を匿ったことによりソロンの運命は大きく変わっていくこととなった。