話の舞台は、第三次大戦後の極東の島国。 　そこでは、核の炎によって、すべてが荒廃した世界が広がっていた。 　人口は昔の半分以下となり、２２世紀に入った今でも、国内では小規模な争いが絶え間なく広がっている。 　そんな世界で、２人旅をするアサヒと、妹のミソラ。 　しかし、ミソラには、決して公にすることが出来ない、秘密が隠されているのだった。

この世界には、傭兵と呼ばれる職業があった。一般的には、戦いに参加する雇われ兵士の彼らだが、生活のため、平時でも魔物退治や護衛といった仕事をこなすため、近ごろの活躍は次第に広がりを見せていた。 　そんな中、大陸中に名前を轟かせた、１人の若い傭兵がいた。彼の名前はレイ・ベンバー。『青い目の死神』と知られる彼は、どんな依頼もこなす最強と言われる一方で、どんな相手に対しても容赦のない残虐な傭兵と言われ、畏れられていた。 　心のすさんだ彼は、ひょんなことから、弟子をとることになった。 　弟子の名前はリコ・ヴィルカ。どこか無邪気でしっかりものの女の子である。 　今まで、傭兵の仕事のことしか考えてこず、どこか空虚なレイではあったが、彼女を弟子にしたことで彼の人生は、徐々に色づいていく。 「何か面白いことを見つけに行こう！」 　レイはそう言って、リコをいつも振り回しながら、２人の旅は今日も始まるのであった。

高校二年生の卯月(うづき)　湊(みなと)は、決して雨の止むことのないこの街で、コンビニの帰りの夜空に、どこまでも広がる海と、そこから泳いでやって来た宙を泳ぐ巨大な鯨を見た。しかし、次の日に友人にこのことを話しても、誰もが知らないと言われ、あれは夢だったのかと思い始めていたそんな時に、初めて出会ったはずの転校生南(みなみ)　杏佳(きょうか)に放課後「君は、空を自由に泳ぐ鯨の存在を信じる？」と言われて、昨日の出来事が夢なんかじゃなかったのだと確信する。 そして、空を泳ぐ鯨を通して、本当は前に出会っていたはずの二人の思い出が、なぜ記憶の中から消えてしまったのかを、徐々に思い出していく……。

記憶を失った少女カナンが目を覚ました場所は、身に覚えのない高級ホテルのＶＩＰルームのような場所だった。ひどく痛む頭を抱えながら、部屋のガラス張りの壁の向こうに見えたものは、今自分がいるこの建物よりずっと背が高い高層ビルに、その間に見える海の水平線。それにこの街全体を覆ってしまいそうになるくらいの、赤く燃える大きな光の球体だった。だがその球体は、まるで少女以外の物の時間が止まったかのように、いつまで眺めていても動き出す気配はなかった。そこにどこからともなく現れた黒猫が少女に不敵な笑みを浮かべながら話しかける。それは失ってしまった少女の物語。最後に猫は意味ありげにこう言うのだ。「これが世界の終わりの光景」だと。

あらすじ　　 組織から人を殺せと言われれば、人を殺し、誘拐しろと言われれば確実に誘拐を成し遂げてきた少女ゼロ。彼女は産まれてからずっと、組織の暗殺者として働いてきたが、ある日の任務の下見に行った時、街の路地裏で無邪気な少年トウヤと出会った。 トウヤに自分のことを友達と言われ、感情を持ってはいけなかったゼロだが、その少年と出会ったことで、ゼロの心が少しずつ動き出し、その結果任務は失敗してしまう。自分が任務を失敗したことにより、組織によって消されてしまうのではないかと思ったが、最後に組織がゼロに下した命令は、トウヤの誘拐だった。 友達とは何か？生きるとは何か？これは悩み苦しみ、死闘を繰り広げていく、そんな灰色の少女、ゼロの話。