航行中の宇宙船ＮＯＡＨⅣの船内で目覚める１６人の少年少女たち。ラムダやファイをはじめ単なる記号を名前に持つ彼らには確かな記憶がなかった。わずかに覚えていたのは必要最低限の情報と断片的な知識、そしてフラッシュバックのように蘇る死のイメージだった。 　すべてがオートメーション化された無人の船内で、彼らはそれが当然であるかのごとく「生徒」として暮らし始める。不気味なほど穏やかに流れる日々。 　だがその授業の内容に変化が現れはじめた時、彼らは赴くべき目的地が死の星と化した地球であることを知るのだった。

　最初にそれを見た時、ボクにはただの汚れたボロ布にしか見えなかった。だから平気で近寄って見て、それがなにか分かった時には凄くびっくりして、それからとても怖くなってしまった。だってそれが首なしの動物の死骸だなんて思ってもみなかったから・・・。 　「ボク」は飼い猫を殺した犯人を探す決心をする。そして犯人を待ち伏せするために忍び込んだ空き家である出来事を目撃する。

　胎児は夢を見ていた。 　地獄の夢を。 　灼熱の地獄の夢を。 　憎悪の炎に包まれた鬼を。 　そして人の持つ根源的な恐怖を知る。

　どこをどう辿ったのか、それはありがちな更新が滞り寂れたペットを扱ったホームページだった。だが偶然、麻里子はそこに隠された入り口を見つけてしまう。その実態は快楽殺人者の集う闇のサイトだった。自らの犯罪を自慢げに語る者たちに憤りを感じた麻里子はつい書き込んでしまう。 「さっさと捕まって死刑になればいい」 しばらく後、その書き込みにある常連からの返信が届く。 「おまえの住所と名前を把握した。これからおまえを殺しに行く」 　こうして不安と焦燥の夜が始まった・・・。

　カルラとアリシアの幼い姉妹が家に帰ると両親は政府によるPSI狩りの犠牲になっていた。からくも脱し追っ手から逃れる二人であったが、その道程で姉のカルラは妹をテレポートさせ助けるものの自らは消息を断ってしまう。一人さまようアリシアは窮地を少年キリオに助けられ、伯父の阿須間の家にたどり着く。だが遊園地に出かけた折、政府の追っ手に見つかり阿須間は殺される。そしてその際アリシアの力が無意識に発動し隊員たちを惨殺してしまうのだった・・・。

　人の心に巣食う魔物と対峙すべく宿命付けられた少女、亜堂杏珠（アドウアンジュ）は黒衣の魔女となり黒き魔法をもって残忍非道な悪魔を滅ぼす。家族皆殺し犯、連続婦女暴行魔等々彼ら凶悪犯罪者の中に存在する悪魔を身を挺して滅ぼす杏珠。 　そんな折り、同じ宿命を持つ紫の魔女更木絵莉が転校してくる。互いにそりが合わぬ二人だったが、職員室を散弾銃でジャックした犯人に取り憑いた魔物との戦いで窮地の杏珠を絵莉が救う。 　その頃、同時多発無差別通り魔事件を捜査する友人紗季の兄剣二は、その背後に天秤のシンボルを持つ謎の組織の存在があることを知る。だがその一方で妹が先の暴行事件により魔物の種を宿していたことを知るのだった・・・。