大陸最大の宗教国家『アリストス聖教国』は今から二百年前、魔女によって引き起こされた数々の厄災によって滅亡の危機に陥った。以後、聖教国の主権者たるアリステリア教会は、国民の平穏な生活を守るため、魔女を最大の異端存在として認定し、これの捕縛、及び排除に努めてきた。アリステリア教会の尽力により、聖教国の平和は今も保たれている。 　しかしそれはあくまでも表向きの話。かつて魔女が厄災を引き起こしたという事実も、魔女に関する定義も、全てがアリステリア教会の虚言であることを彼女達は知っている。 　教会によって故郷の村を焼かれた魔法使いの弟子・ミリーシャ。魔女の冤罪をかけられ、帰る場所を失った少女・アンナ。二人は迫り来る教会の追っ手から身を隠しながら、東方にあるといる『魔女の国』を目指して聖教国を旅する。

　神の手によって創られたと言い伝わる、東の海洋に浮かぶ島国『天神国』。 　この国の歴史は百年に一度発生する大災害、『厄災』と共に彩られている。 　厄災とは妖と呼ばれる魑魅魍魎の大量発生、それに付随して起こる数々の自然災害のことを指す。 　発生原因は未だ不明、終息までには平均して五年の期間を要する。 　厄災によって発生する妖に対抗出来るのは、支配階級である士族が操る『呪術』のみ。 　彼らは厄災が発生する度に妖との戦いに身を投じ、天神国の黎明期から守護者としての役割を果たし続けている。 　時は天神歴1702年。天神国は十七度目となる厄災に見舞われていた。　 　士族のひとつ『緑川家』の娘として生を受けた『緑川燈子（とうこ）』も、天神国の平穏のために厄災と戦う一人だった。 　燈子は妖の討伐のため、天神国のさらに東に浮かぶ小さな離島『零幻島（れいげんとう）』へと足を運ぶ。 　そこは別名『死の島』と呼ばれており、全てが謎に包まれている場所だった。 　燈子は零幻島を治める士族の当主『白崎亜鈴（あれい）』と邂逅し、妖の討伐に向けて共に動き出すのだった。