昭和二十年、東京。十四歳の坂本彰二(さかもとしょうじ)は、終戦後、兄、坂本紘一(さかもとこういち)が連れて帰って来た周(しゅう)という人物と出会う。 　周は、紘一の親友らしい。戦災孤児だという彼は、彰二の父、坂本静吉(さかもとせいきち)の養子となり、彰二の義理の兄になってしまった。妹の由里(ゆり)も周に懐くが、彰二は、周にどのように接するべきか分からない。 　周の正体とは、何なのだろうか？

　昭和九年、教員を辞した実方顕彦(さねかたあきひこ)は、独身で隠居生活をしながら、覆面作家・申田九二五(さるたくにこ)として、悠々自適な生活を送っていた。 　しかし、気になるのは、大正十五年に、桜の木の下で一目惚れした少女の事。 　彼女は、何処へ消えてしまったのか？ 　『苗の神教(ナエンカンきょう)』を信仰する者だけで構成された隠れ里『瀬原集落』で、様々な人間の様が交錯する中、顕彦は真相に辿り着く。

　大正十五年、春。 　急に他所の家に婿入りしろと実家に呼び付けられた坂元誠吉(さかもとせいきち)は、自身の出身集落の調査を行っていた。誠吉の出身地、瀬原集落(せばるしゅうらく)は、『苗の神教』を信仰する人々の住む、隠れ里である。其処が、何故隠れ里になってしまったのか、誠吉は幼い頃から、其れが疑問だった。 　婚約者になった富(よし)、集落の長、瀬原修一(せばるしゅういち)。富の父、操(みさお)。 　様々な人物の事情が交錯し、事態は、大正三年の桜島大噴火の頃に起きた事件まで遡って、大きなうねりを見せる。

　２０１４年、三月。中学を卒業し、高校を進学する予定だった坂本佐織(さかもとさおり)は、唯一の肉親だった父、坂本治一(さかもとはるいち)を亡くし、遠方の瀬原集落(せばるしゅうらく)に住む母方の伯父、瀬原令一(せばるれいいち)に引き取られる事になる。 　しかし、佐織を待っていたのは、『水配り』という婚礼の儀式だった。 　其処で、二組の男女で競い合い、一年以内に子を成した方には、令一の遺産を全て譲られるという。 　そして、瀬原集落は、『苗の神教』という宗教を信仰する人間で構成された隠れ里だった。 　令一の目的は、何なのだろうか。 　そして、『苗の神様』とは、何なのだろうか。

　流産で我が子を失った佐藤宇子(さとうたかこ)は、父、坂本紘一(さかもとこういち)からの依頼で、十六歳の女の子、坂本早佐(さかもとはやさ)を預かり、極秘で出産させる事になる。 　早佐は追われていて、夫の坂本治一(さかもとはるいち)と共に、上京して、郷里から逃げて来たのだ。 　早佐達を支援する為に、治一の友人の実方岐顕(さねかたみちあき)、其の曽祖父、実方顕彦(さねかたあきひこ)、岐顕の息子の龍顕(りゅうけん)もやってきて、生活は賑やかになるのだが。 　早佐を追っている相手は、岐顕の妻で、早佐の姉の理佐(りさ)を殺した人間なのだ。 　宇子は、早佐達を助け、無事に出産させてあげられるのだろうか。

　実方龍顕(さねかたりゅうけん)は、義妹の佐織(さおり)と同居する事になった。しかし、行き成り、義妹は誘拐される。 　誘拐したのは、既に無いはずの宗教団体『苗の神教』関係者のようなのだが？ 　果たして、龍顕は、佐織を見付ける事が出来るのだろうか？

　昭和三十六年。『苗の神教』という宗教の信奉者で構成された隠れ里、瀬原集落(せばるしゅうらく)で暮らす実方向子(さねかたさきこ)は、幼馴染で、若くして集落の長(おさ)になった、瀬原永一(せばるとういち)からの求婚にうんざりしていた。 　向子は、婚約者より、友達が欲しいのである。 　そして、向子は、永一と結婚したくない事も有って、巫女になる決意をするのだが、思いがけず、『苗の神教』の根幹に触れる。 　向子には『友達』が出来るのだろうか？

　二〇二〇年、コロナ禍の東京。実方不動産会社の新入社員として入社した吉野倫玖(よしのともひさ)は、六年前付き合っていた元カノ、清水麻那美(しみずまなみ)と同僚になってしまった。 　一人で、姉の忘れ形見である清水鼓哲(しみずこてつ)という男児を育てようと奮闘する麻那美だったが、実家の両親の圧力で、鼓哲を実家に渡さなければならない状況に追い込まれる。 　しかし、麻那美は鼓哲を返したくないと言う。 　 　麻那美の出身地は、瀬原集落(せばるしゅうらく)という、『苗の神教』という宗教を信仰する人間で構成された隠れ里だったのだ。 　鼓哲を返したくないと奮闘する麻那美を、倫玖は、支える事が出来るのだろうか？

　昭和二十年七月。坂本紘一(さかもとこういち)は、父、坂本静吉(さかもとせいきち)に連れられて、鹿児島市に在る、父の故郷へ向かった。其処は、昭和も二十年になると言うのに、未だに隠れ里として存在している『瀬原集落(せばるしゅうらく)』という場所で、住人は全員、『苗の神教』という宗教の信者なのだという。 　しかし、辿り着いてみた其の場所は、大日本帝国陸軍歩兵第四十五連隊の演習所の一部という扱いになっていた。 　『苗の神教』の秘密とは？そして、静吉は、何故、紘一の母、富(よし)と共に、瀬原集落を出たのか？

　平成元年のある日、日野燐子(ひのりんこ)は、不思議な老人、坂本紘一(さかもとこういち)と出会う。そして平成四年、ひょんな事から、担任教師の吉野玖一と同居する事になった燐子は、数々の、不思議で、恐ろしい体験をする。果たして、其の原因とは？這い寄る黒い影の正体とは何なのだろうか？

　昭和四十年、東京。 　坂本自動車の経営陣の一人、坂本紘一(さかもとこういち)は、二十年ぶりに、美しい従妹、坂本成子(さかもとみちこ)に再会する。実は、坂本家は『苗の神教』という宗教に基づいて構成された隠れ里『瀬原集落』の出身で、成子は、十三年間、其処から失踪していて、最近発見され、連れ戻されたはいいが、集落の中で居場所を無くしていた。紘一の父、静吉(せいきち)の計らいで、成子は、紘一の家で同居を始める。しかし、静吉の急逝で、紘一の日常は一変してしまう。 　一方、成子の失踪は、その妹、坂本逸枝の事故死が関係しているらしいのだが、詳らかにはされない。紘一は次第に、成子の失踪に、疑問を抱くようになる。 　紘一の親友で、成子の従兄の実方辰顕、青梅在住の画家、吉野綜一、そして、坂本家の面々が加わり、互いの事情が絡み合い、徐々に、真相が明かされていく。 　果たして、成子失踪の理由は？また、逸枝の死の真相とは？そして、苗の神様の秘密とは？

　舞台は2014年、東京。立川市在住の高校生、吉野倫玖(よしのともひさ)は、渋谷で、謎の宗教団体『苗の神教』に誘拐されそうになる。身の危険を感じた倫玖は、『苗の神教』について調べるうち、その宗教の実態を知る人物、坂本治一(さかもとはるいち)と懇意になる。しかしある日、治一が殺された事を知った倫玖は、治一の無念を晴らし、治一の娘を保護する為に、更なる調査を決行する。調査を進めるうち、倫玖は、自身と同じ顔の男の存在を知り、自身のルーツに、何らかの秘密が有る可能性に思い至る。『苗の神教』の事情を知っていると思しき、謎の美少女、清水麻那美(しみずまなみ)と交際するに至るが、大企業、坂本自動車の会長や、謎の不動産会社、実方不動産の社長等、様々な人物の事情が交錯し、事態は思わぬ展開を迎える。果たして、倫玖は、自身のルーツや、治一の死の原因を解明し、治一の娘と出会う事が出来るのであろうか。