小松茉莉花（こまつまりか）は、プロテスタント系のミッションスクールの女子高、常緑学院に通う高校二年生。崩壊気味の家庭に育ってはいるが、そのこと自体は素直に受け止めて、幼馴染で、似たような境遇で育った柴野優将（しばのゆうま）と助け合い、自分なりの日常を生きている。 茉莉花は、同じく幼なじみの中澤慧（なかざわけい）と結婚したいと思っているが、それが純粋な恋愛感情からきている願望かどうか、自分でも自信がないし、理想と現実との間には、結構困難な壁があることも分かっている。 降籏高良（ふるはたたから）は、プロテスタント系のミッションスクールの男子校、紫苑学院に通う高校二年生。成績優秀で面倒見もいいが、感情表現が乏しく、甘え下手。無邪気な幼馴染の日富絆（ひとみきずな）や、おっとりした中澤慧、不思議な存在である柴野優将らと、地味ながらも、そこそこ賑やかな学園生活を送っている。 六月、紫苑学院の学園祭で、茉莉花と高良は出会う。しかしその時、その場に一緒にいた水戸大空（みとたかひろ）の様子がおかしくなる。 そして、高良が、父親から渡された、座敷童伝承の書かれた和綴じの本を切っ掛けに、高良には、どうやら、『座敷童』らしきものが見えるようになってしまう。 その座敷童は、優将と茉莉花にそっくりなのだ。 この不思議な現象を解決するには、和綴じの本を読解し、自分達のルーツを紐解いていかねば、と思う高良だが、解読するうちに、和綴じの本の発見された地には、座敷童伝承は存在せず、記載されている伝承内容も、他所の座敷童伝承とは一線を画するものだということが分かる。 和綴じの本には、「家に入りたがる子どもの妖怪」の伝承が記載されているらしいのだが―。 果たして高良は、不思議な現象を解決する事が出来るのだろうか。

　親友の妻、実方理佐(さねかたりさ)が、十七歳で自殺した。 　坂本治一は、理佐の妹の瀬原早佐(せばるはやさ)に、姉の死は自殺ではないと言われる。 　早佐の話を聞く交換条件は、早佐の、瀬原集落(せばるしゅうらく)からの脱出だったが、瀬原集落は隠れ里であった為、其の実行には命の危険が伴う。 　治一は、何を知り、何を選択するのだろうか。

　昭和三年。諸事情で、坂元本家後継に抜擢されてしまった、坂元分家の五男、十四歳の坂元栄吉(さかもとえいきち)の元に、三歳年上の美人、実方本家の長女、実方初(さねかたはつ)との縁談が舞い込んできた。 　実は、初(はつ)に一目惚れして以降、片思いを続けていた栄吉(えいきち)だったのだが、自身の父の坂元糺(さかもとただす)は、頑(がん)として、此の縁談を了承しようとしない。 　理由は、栄吉の失踪した兄、坂元誠吉(さかもとせいきち)に有るらしく、坂元本家にも秘密が有るらしいのだが、糺(ただす)は理由を説明しない。 　理由の説明も無しに縁談を断られ、顔を潰された実方本家当主の実方忠顕(さねかたただあき)は、何としても糺(ただす)に、栄吉と初の結婚を了承させようと画策する。 　其処には、実方本家の秘密も絡んでいた。 　果たして、両家の秘密とは、何なのだろうか。