2025年のある日の夏、突如北朝鮮から弾道ミサイルが複数発射された。弾着予想地点がわかるまでは普段通りの実験で日本海か太平洋に弾着するだろうと誰もが思っていた。しかし今回は違ったのだった。撃ったのは北朝鮮だけではなく中国も発射していた。石国はすぐさま戦闘配置を命じ迎撃命令は待つ暇もなく命じられSPY-1レーダーを起動し、東京、大阪に向かってくる弾道ミサイルにSM-3を2発撃ち、大阪に向かってくる弾道ミサイルは迎撃成功したが、東京に向かっている弾道ミサイルは迎撃に失敗した。あとは航空自衛隊のPAC-3にかかっていた。しかしそれでも失敗し、弾着してしまった。ワシントン、ソウル、モスクワにも弾着し、核の悲劇は繰り返されてしまった。弾着してしばらくしてから偵察と生存者救助のため第2特殊武器防護隊が東京へ陸上自衛隊富士駐屯地から出動した。部隊は到着し、地獄を見た。ビルに燃えざかる炎、燃え崩れた東京タワーとスカイツリー。しかし地獄はこれからだったのだ。多数の死体をくぐり抜け渋谷まできた、渋谷は死体の数が他のところよりも量がすごかった。すると突然、死体の山がガサガサと動き出し、立ち上がった。それを見た隊長は直感で危険だと判断し、富士へ帰った。その報告を聞いた陸海空自衛隊全隊員は死体が蘇るということはゾンビではないかという噂が広がった。3日後状況を確認するため八尾駐屯地にてUH-1が出動した。しばらく経ってからヘリが帰ってきた。撮ってきた写真を見て幹部と官僚は驚愕した。なんと多数の人が血だらけで立って歩いていたのである。一般隊員も写真を見て確信した幹部も官僚も、これはゲームと映画でしか見なかった「ゾンビ」であると。そしてRF-4EJが撮影した東京付近の写真にもゾンビらしきものがいた。どうやら山梨県、長野県にも広がっているようだった。そして無事だった防衛大臣はゾンビ殲滅命令を出した。これを聞いて石国は出撃に備えた。護衛艦ひゅうが、いずもに陸上自衛隊の多数の部隊を載せ、チヌークやコブラなども搭載した。舞鶴基地の全艦艇が出港した。旗艦はあたご、司令官は行方不明で石国が司令官となった。そしてこれからゾンビ殲滅作戦が始まるのだった。

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