15世紀から18世紀まで、全ヨーロッパで起こった推定4万人から6万人が処刑された魔女狩り。 中には無関係な一般市民も多数含まれていたものの、決して少なくない数の魔女もまた犠牲になった。 難を逃れた魔女達は世界中に散り、身を潜め、ひっそりと余生を過ごした。 時は立ち現代、21世紀。 魔女とは何の関わりもなく育った高校2年生・白宮 天晴(しろみや てんせい)は夏休みに入ってすぐのある晩、血だらけで満身創痍の美女・アリスと名乗る女性と出会う。 助けを懇願するアリスを仕方なく連れ帰り看病することにした天晴は、アリスが追われている魔女であり、その延命を手助けした天晴もまた、アリスを満身創痍に追いやった魔女狩りの使徒達「光軍(グリッター)」に狙われることになることを知る。 突然の非現実を受け入れることをできないでいた天晴だったが、光軍の手は問答無用で天晴とアリスに襲いかかる...!!

高校2年の主人公・嶺相護はひょんなことから学校一の美女・鍋島怜と接点を持ち、仲良くなる。 勇気を出して地元の花火大会に誘おうとするも、学校一のイケメン・時田先輩に先を越されやむなく仲のいい男子と花火大会へ。 友達の一人・安藤樹から時田先輩の最低な本性を聞いてしまい鍋島を心配する相護だったが、そこに鍋島から『ホテルに連れていかれるかもしれない』と連絡が来る・・・。

大学3年生になった伊藤錬は、夏休みを使って故郷へ帰ってきた。 4日という短い帰省時間の中で家族と会い、友と会い、そして大切なアイツのもとへ会いに行く。

島窟智美(とうくつともはる)のもとへ、高校2年のある夏の日、親友から一通の手紙と黒の懐中時計が送られてくる。 が、その本人、親友・蜜越連一(みつこしれんいち)は4か月も前に交通事故で死んでいる。 手紙から連一本人とわかったものの、その内容は「黒の懐中時計で自分の意識を過去に飛ばすことができるから会いに来い」という信じがたい内容だった。 半信半疑な智美だったが、亡き親友に会えるのならとタイムリープを決意する。 過去で待っていた連一と再会を果たす智美だったが、連一の口から智美が想像もしなかった真実が告げられる。