お人好しで騙されやすい普通の高校生「天音海斗」は謎のローブの男に騙され、異世界に飛ばされてしまう。彼が飛ばされた先は「神代魔術都市国家ウェルギリア」。そこは、「火、水、風、土、光、闇、精霊」の七属性を中心に様々な魔法を行使しているところで、「神都アルクウェイド」「錬金の街クロイツ」「港町エアリス」「学術都市メルディア」「霊却の谷コルフィス」「風の村ウィンネール」「聖都クレイスデント」の七つの都市に分かれている国であった。。海斗は、その場所の「神都アルクウェイド」にて、「国を魔王から守ってほしい」ということ、そして、「魔王の手に落ちた、魔力の根源である霊脈を取り戻してほしい」とアルクウェイドの領主「オルトリア・アルクウェイド」に頼まれる。 全属性の魔法を行使できると知った海斗は、ウェルギリアを救うために、各地を旅し、そこで様々な魔術師たちと出会う。海斗はその魔術師たちを味方につけ、魔王の影響を受けつつある場所を救っていった。 だが、最後にたどり着いた「聖都クレイスデント」にて霊脈の争奪戦後、「魔王に本当の意味で操られているのはアルクウェイド領主」だということを知る。 魔王の本当の狙いは、「聖都クレイスデント」に存在する霊脈を奪い、魔力を全て自分のものにすることであったのだった。

　全ての世界が消失した、『常闇の大悲劇』。 　「終着点」と呼ばれるその場所から、それらの生き残りである「時空越え」が、悲劇をなかったことにするために、過去へと渡り、『悲劇修正』を行う。 　一人の少年、多々良蒼明は、時空越えの一人として、仲間たちと共に悲劇修正という過酷な戦いに赴くことになるのであった。

1864年如月。新撰組一番隊隊長の沖田総司は、局長、近藤勇から『神隠し』について聞かされた。沖田は冗談だ、と思いつつも、耳鳴りや目眩に耐えていた。 夕刻、副長、土方歳三に頼まれ、近藤を探すものの、一向に見つからず、そのまま沖田は意識を失ってしまう。 目を覚ましたとき、そこにいたのは切支丹と思われる幼女と、どことなく様子のおかしい土方だった……。 沖田が目を覚ました場所。そこは、多種多様な『能力』を持つ人達が、歴史の変わった世界で生活してる、パラレルワールドであった……。