備中国の妹尾へにいる３人の賢者の思惑も知らずに、輪廻の華と呼ばれる百合を国へ連れ去った妹尾敦盛。 一方、異能を使うことで寿命を縮めているとわかった九条月華は、最愛の妻から異能を消すために奔走していたが、方法を知っているという風雅の君が頑なに口を閉ざしたため、一緒に百合を追うことになる。 輪廻の華の異能はなぜ執拗に求められるのか、風雅の君が宮中を追われた過去に一体何があったのか、月華はついに真実に辿り着くことになる——。

重要な任務を遂行した褒美として与えられたふた月の休暇。 京に戻って来た月華は、父の圧力で臨時の官吏を引き受けることになった。 生まれたばかりの我が子と家族水入らずで過ごすはずが、とんだ休暇になったと肩を落としたのも束の間。 朝廷では官吏たちの監察を目的とする弾正台の長官、弾正尹に目を付けられ、そのうちに友になるよう強要されてしまう。 友となった弾正尹は朝廷の書庫を知り尽くしており、そこで禁書の存在を知った月華は、妻である百合が持つ異能は一体何なのか、それを消すことはできないのか、書庫で禁書を調べ始める。 月華はついに異能の正体を知ることになる。

前回の事件が片付いて半年が過ぎた春。 京では美人ばかりを狙う謎の連続毒殺事件が起こり、それを治めるために朝廷官吏の官吏たちが解決に乗り出すことになった。 西園寺李桜、久我紫苑、九条悠蘭が奔走するもなかなか毒殺犯の尻尾はつかめなかった。 毒殺事件の犯人を追っていた李桜は、ある日、その真相が半年前の事件と繋がっているのではないかと考え始めたが、そんな折、同居する近衛椿が見知らぬ男と逢引きしていることを知り、嫉妬のあまり仲たがいしてしまう。 一方、鎌倉に戻っていた九条月華は北条鬼灯の指示である人物を鎌倉から連れて京へ戻ってきた。 その人物を加え、毒殺事件解決に向け取り組む李桜だったが、そこへちらつく怪しい茶人の影が見え隠れし、彼らを翻弄していく。

鎌倉で武士として生きていくことを決めた九条月華が上司から受けた命により近江の山寺へ出向くと、そこで怪しい陰陽師のふたりと遭遇。 足を滑らせて崖から滑落する直前に見たのは、陰陽師の格好をした疎遠になっていた弟だった。 一命を取り留めた月華は当初の命令どおり山寺に匿われている百合という姫を京の朝廷に連れて行こうとするが、百合の人柄に触れるうちに本当に彼女にとって幸せな場所はどこなのか、疑問を持ち始める。 倒幕を目論む左大臣が陰陽師を使って異能を持つ百合を狙う中、月華は百合を守ることを決意する。