どうして僕が単細胞に？ 有栖川堤（ありすがわつつみ）は高校二年生で死んで異世界に転生してしまった。 　異世界でチート生活を送ろうと思った矢先に自作の人工知能から自身が単細胞生物である原始の生物に転生してしまったことを伝えられる。 　グッバイチート異世界転生。グッバイ元の自分。ただ好きだった彼女に思いを伝えることを夢見て、それだけをモチベーションとして、単細胞生物ライフを諦めずに進めていく。 　小さな小さな生物の大きな大きな物語。

　魔帝アレが世界を統一してから、人類は二千年間、戦争もなく、平和に暮らしていた。しかし、彼女の造った帝国の弱体化は必須となってしまい、人類は再び混沌の時代を迎えようとしている。その渦の中心に主人公のネネは巻き込まれていくのだった・・・ ここまでのあらすじです。（読んでない人にとってはネタバレになるのでご注意ください。） 　ネネは母のエレと山奥で幸せに二人暮らしをしていた。しかし、突如母が死んでしまう。そして、その八年後に物語りは動き出す。ネネはアンジェラ財閥の代表取締役としてそしてアンジェラ家当主としてその役目を果たしていたが、母の墓参りついでに訪れたアソの町でケンブルク家の嫡男であるヘイドと運命的な出会いをする。そして、次の新学期に二人はクマ高校で再会する。 　クマ高校ではヘイドとネネは同じアルティに入って、仲間たちと帆船レースなどを経て親睦を深めていく。しかし、カタストロフィによってクマの町は消滅し、ネネたちは危機一髪で町から脱出したのだった。そこで再びばらばらになるが、紆余曲折を経てキョウの町で仲間と再会する。そして、期末試験も無事終わり、夏休みに入ったのだが、帝国崩壊のカウントダウンはすでに始まっており、ネネたちはそれぞれの運命に翻弄されていくのだった・・・