術式《コード》によって錬金術が発展した世界。 　人里離れた山奥で自堕落な生活を送っていた御影征太郎《ミカゲセイタロウ》は、錬金術師を育成する教育機関『獅星学園』に招かれ、借金の肩代わりと引き掛えに一件の仕事を請け負うこととなる。 「祈宮葵月《イノミヤハヅキ》です！　これからご指導お願いします、御影先生！」 　落第必至の落ちこぼれ少女。その専属教官。 　錬金術の才能を持たず刀一本で戦ってきた少女を、錬金術の世界で通用する実力まで育て上げること。 　先が思いやられる無理難題。 　それこそが征太郎に課せられた役目なのであった。

「ルシアちゃんはぼくが護るから！」 「……うん、約束、だね……！」 　それは、かつて少年が少女と交わし、そして果たされなかった約束―― 　空に浮かぶ大陸・アトラスガーデン。 　錬金術師の楽園の片隅に広がる森の工房。そこで引きこもりを満喫していた少年は、工房の主である金髪碧眼の魔女・アリスに半ば強制的に追い出され、学園都市の名門校・アルヴァート学院に転入生として招かれることになる。 　転入初日、事件が起きた。 　クラスメイト達の前で、少年・イツキは紅髪の女生徒にビンタされる。 「……約束、破ったくせに」 　それは、かつての幼馴染・ルシア＝サルタトールとの再会だった。 　思いがけぬ再会と、昔とは変わってしまった二人。 　学院生たちとの交流、ぶつかり合い、そして暗躍する者たち。 　少年は、かつての約束を果たすため、いま一度己と向き合っていく――

　日本。とある地方都市。 　少年・逢坂功真は人付き合いが悪いごく普通の高校生――だったが、とある一件を機にその肉体の内側に鬼を宿し、それを周囲に隠しながら陰鬱な日々を送っていた。 　そんな巧真は、ある日やってきた美少女転校生に、爆発的なラブレターを突きつけられる。 　他人との関わりを極力避けている巧真であったが、あまりにも情熱的な誘いとあらば乗らずにはいられない。 　そうして転校生・一之瀬桃香との放課後デートを楽しんだ後――巧真はその一之瀬から剣を向けられる。 「逢坂巧真さん、わたしはあなたを殺します！」 　一之瀬桃香は、『怪魔殺しの鬼姫』討伐の任務を受けた浄滅師――そして、巧真の内に宿る鬼こそが彼女の標的だったのだ。 　その身に鬼を宿した少年と、鬼を討つため遣わされた少女。 　殺し合うべくして出逢った二人の運命は果たして――

　第二次百鬼大戦。 　魑魅魍魎との戦争に人類が勝利して十五年。 　文明が半壊した極東の土地で、いまだ跋扈する魑魅魍魎と対峙する対魔機動隊の新人隊員・花織桜香は窮地に立たされていた。 　大型魔獣に踏み潰される寸前――彼女を救ったのは、鬼の血を継いだ規格外の怪物にして、誰もが『最強』と畏怖する少年・天城アラタだった。 　――これは、人間(ヒーロー)に憧れる怪物の物語――