アメリカ・ニューヨークに短期留学していた高校生の真田和嵩。だがホームステイしていたアパートの爆発事故により、留学していた1カ月間の記憶を失ってしまう。 アメリカでの治療を終え、帰国した和嵩。だが記憶喪失のためか、常に喪失感を抱えていた。 高校最後の夏休みに入ったある日。小学校6年生の時に迷子だったところを助けたイリスが現れる。なんとイリスは和嵩が留学していた時に再会し、恋人になったという。もちろん記憶にない和嵩は困惑するが、イリスは強引に和嵩の家に住み着いてしまう。戸惑いながらも、記憶を失くした罪悪感から和嵩はイリスと向き合っていく。 しかし、そんな中で和嵩はイリスの言動が過去の記憶と食い違っていることに気づき始める。疑った和嵩がイリスを追求すると、とんでもない事実が発覚する。 和嵩の前に現れたイリスは本人ではなく、双子の妹のハーピアだった。イリスはすでに死亡しており、ハーピアはイリスの生家でもあるナイトクラウド家の命で和嵩と接触していた。ナイトクラウド家は遺伝子操作を用いた人工授精によるデザイナーベイビーの製造を行っていた。イリスは非合法な手段に平然と手を染めるナイトクラウド家に反発して出奔し、偶然和嵩のホームステイ先に匿われていた。そしてナイトクラウド家は口封じのためにホームステイ先ごとイリスを抹殺したのだ。 しかし、偶然イリスと同級生だった和嵩が生還したためにナイトクラウド家は遺伝子サンプル収集を兼ねて高名な物理学者の息子である和嵩を懐柔、反抗するようなら口封じに抹殺しようとしていた。 自分を置いて出奔したイリスを憎んでいたハーピアは和嵩を殺そうとしていたが、和嵩に惚れてしまい、手を出せずにいた。ハーピアの本心を知った和嵩はナイトクラウド家と対決するためにアメリカへ再び旅立つ。 そこでFBI捜査官フェリシティ・シラノと出会った和嵩は全てを思い出す。イリスはそもそも和嵩と恋人関係ではなかった。お互いに顔も合わせないままホームステイ先のアパートで共生していた。そんなイリスが密かに書いていた日記を読み、彼女の想いを知った和嵩は追いかけてきたハーピア、フェリシティと共にナイトクラウド家と対立する。