新暦2205年。宇宙から飛来した未知のエネルギーを秘めた隕石を利用した鋼核《コア》を用いた鋼核技術《コア・テクノロジー》によって、人類の文明は今まで以上に急速な発展を遂げた。 極東新都第一高校に通う咲坂花人《さきさかはなと》は、不思議な感覚に導かれて鋼核装者《コア・ドライバー》同士の戦闘を目撃してしまう。 才能を見出された花人は、コア・テクノロジーを悪用する者達の犯行を阻止する為に人知れず戦う極秘政府組織、C.D.A《Core.Dfense.Agency》にスカウトされる。 突然の出来事の連続に戸惑う花人だが、先輩エージェント 風見野舞衣《かざみのまい》達と共にエージェントとして活動する決意を固める。