第二次世界大戦時、大日本帝国では大型爆撃機製造計画「富嶽計画」と並行し、超人兵器を作りアメリカ本土を制圧する計画、通称「スサノオ計画」が進行していた。しかしその計画に関する資料は終戦直前に全て破棄され、その存在自体が闇に葬られたかに見えた。そして時は流れ、2016年10月。天体観測が好きな高校2年生の少年、神嶋沙月（かみしまさつき）は学校からの帰り、流星群を観測する場所の下見をしようと近くの山に向かう。その山の中で傷だらけの謎の少女に出会ったのをきっかけに、沙月は大きな陰謀に巻き込まれていく。彼女は、第二次世界大戦半ばから現在まで、極秘で続けられてきた研究「スサノオ計画」の被検体だったのだ…。