数多の残酷な事件が多発する現代。 それは絶えず引き起こされ、大切な命が毎日消えていく。 そんな世の中を変えようと立ち上がった一人の男、本間　仁志。 彼は「特命探偵SDC」を立ち上げ、5人の少年少女とともに日に日に増加する事件に挑む。

××年前の日本。 人は妖とともに暮らしていた。 人は昼間に活動し、人が寝静まった夜に妖が活動する。 こんな関係が続いていた最中。 人間界、妖界に衝撃な知らせが入る。 それは天才最年少陰陽師、天城　蒼真の謎の死。 それからだろうか。 平穏な日々が崩れ去ったのは… 不運にも天才最年少陰陽師、天城　蒼真の弟として生まれた夕真。 周りの期待もむなしく、彼は妖が「視えない」という陰陽師として不可欠なものを持っていなかった。 それに彼はこれぽっちも陰陽師になる気はなかった。 そんな彼に前に現れる蒼真に従う妖達。 彼らが現れたその日から、平穏だった夕真の日常が変わっていく。