かつての日本は男社会と表現されていたようにどの産業、どの業種、どの仕事においても常に男性がリードし、国を引っ張っていた。しかし、数十年前に日本の研究者が地球を取り巻く新エネルギー『マナ』の存在を発見し、日本は独自にマナの研究を進め、やがてマナに直接作用を及ぼすことのできる少女たちがいることを突き止める。時の政府は力を持った少女――魔法少女の発掘と育成にも力を入れるようになり、魔法少女の能力開発を推進した。 　すでに日本の国防、治安維持、消防、医療の四分野は魔法少女と切っても切れない関係にある。その他の分野に関しても退役した元魔法少女たちが主要な役職を占め、彼女たちの強烈なリーダーシップで全てが動いている。もはや男社会という言葉はこの国のどこにも存在しない。今やこの国を引っ張っているのは紛れもなく日本全国にいる現役の魔法少女たちと、過去に魔法少女であった者たちなのだ。

　まだ雪の残る三月上旬。北鷹学園は記念すべき卒業式の日を迎えていた。午前10時に開始された式は滞りなく終わり、全校生徒が下校し始めた頃、学校の校門付近で卒業生を待つある一人の男子高校生がいた。彼の名は黄金崎流泉。『ヨミ』というあだ名で呼ばれている。性格は大雑把、あまり考えない男でとにかく惚れやすい。これまでに何度も女子に告白をしているが、一度も成功したことのない残念な男だ。ヨミは三年生の高山紗智の姿をみつけると、他には目もくれず彼女のいる場所に向かって真っ直ぐ歩いて行き……。

　東ヶ谷高等学校に通う三条武流（15）は高校入学から一ヶ月半近く経ったある日、学校の下駄箱付近で偶然『PADDOCK!!』という名前の競馬雑誌を拾う。誰かが落としたらしいそれを届けようとクラスメイトに付き添われて向かったその先はひと気のない校舎裏だった。そこには今は使われていない開かずの体育倉庫があって……。

「近衛一振」は日本政府が設立した研究機関「アクロス・ザ・ヘブン」にて被験者として過ごした後、 ネクロポリス・リバーサイド・スクール、通称「ＮＲＳ」の中等部に入学する。