ソイルとシエルがゲートの破壊に成功した時、アルスとエリスは別のゲートの対処をしていた。言葉を話すことが出来る高ランクのモンスターが出現したものの、事前に立てていた作戦を完璧にこなしたことでゲートを破壊し、モンスターを討伐した。そしていよいよ中央ゲートでの戦闘が始まろうとしていた。

　ウォードルス王国に着いた賢者たちは、襲撃事件について王都で詳しい情報を集め、いよいよその対処に向かうことになった。3つあるゲートのうち、まずソイルとシエルが向かった方のゲートで戦闘が起きた。シエルの特異能力でゲートを破壊し、ソイルは現れたモンスター達を倒したのだった。

　オーヴァン大陸で数々の問題を解決した賢者たちは、エンスタシナ王国女王イリス・シルフィードから頼まれていたウォードルス王国へのモンスター襲撃問題を解決、そして自分たちの力をつけるために長距離転移魔法陣でウォードルス王国へと向かった。

西暦二〇五〇年、人類はエクスパンスを発見する――それは、技術、医学、インフラの急速な発展を支える、無限に広がり絶えず変化する次元である。しかし、その秘密には大きな代償が伴う。エクスパンスは、人間の宿主と結びつくデーモンを生み出し、これが融合することで超常的な力を持つサイバーデーモンが誕生する。これらの存在と調和できない者は、歪み、恐るべきサイバーアベレーションへと変貌してしまう。こうした脅威に対抗すべく、エリート集団「ミコシ」が結成された。 渋谷出身の不適応な高校生、アイダ・ジンは、駅でサイバーアベレーションの襲撃に遭い、平凡な日常が一瞬にして打ち砕かれる。混乱の中、捉えどころのない時のデーモン、クロノアが彼と融合し、時間さえも超越する驚異の力を呼び覚ます。やがて、彼は空間の支配に長けた、ミコシ所属の強力なサイバーデーモン、荒川ソラと出会う。二人は共に、あらゆる奇跡が高い代償を要求し、現実の根幹と絆の意味に挑む激動の世界を切り抜けなければならない。

　突如としてストルム王国に来た夜陰教団。アルスとシエルによって2人の教団印は倒されたが、まだ幹部が残っていた。その幹部は非常に強く、白は苦戦を強いられ敗北しそうになったが、不思議な力に目覚めて辛勝したのであった。

　ストルム王国にやってきた賢者達だったが、謎の人物による襲撃に遭遇した。シエルはその襲撃者の一人であるペイルと戦闘を行い、勝利したのだった。

　ストルム王国に訪れた賢者たち一行を突如襲撃してきた夜陰教団。アルスはそのメンバーであるエクウスと対峙し、苦戦しながらも精霊であるレータの協力もあり、倒すことが出来たのだった。

　何者かの襲撃にあった賢者たちは、それぞれが役目を全うするために動き始めた。襲撃者の対処をシエルに任せたソイルとゼータは西部にいる人々を助け、アルスに任せたエリスとヘスティアは中部に取り残された人たちと王城に避難した人たちの援護をした。そんな中、アルスと襲撃者の一人、エクウスとの戦闘が始まったのだった。

　ストルム王国へやってきた賢者たちは、国王に会うためにまずはギルドで待つことになった。ギルド内ではフェルゼン地方で小規模な争いが起こっているという話を聞き、いずれ争いを止めに行こうと決意した。そして国王フェン・ウォルクの元にイリス王女からの手紙を届けたのち、長距離転移魔法陣発動準備完了を待つ間、王国内を観光することにした。しかしその途中、何者かの奇襲に遭遇してしまったのだった。

　神獣フェンリルとの勝負に辛勝した白は跳兎族(ラパン)が住むアルナブ村を守るように約束をした。そうしてアルナブ村の問題を解決した賢者達は一度通り過ぎた本来の次の目的地であるストルム王国へ向かった。

　ストルム王国に向かう途中、アルナブ村に立ち寄った賢者たちは、その村で行われている魔獣のための生贄の儀についての話を聞いた。そして逃げ出した2人目の生贄になる予定の者を探し出している間、白は魔獣と話し合いをしに行くのだが、条件付きでの戦闘に入ったのだった。

　エンスタシナ王国女王イリス・シルフィードの頼みでハウ王国へと向かっていた賢者たちはその道中でハウ王国王女リゼを助ける。リゼから事情を聴いた賢者たちはハウ王国とリーフハーバーとの争いを止める為にもハウ王国へと向かい、イリスから預かっていた手紙を見せることで、一旦収めることが出来た。そして賢者たちはもう1つの国にもイリスの手紙を見せるべく、ストルム王国に向かうのだった。

リゼは国王であり自身の父親でもあるルフト王を止めるため、ハウ王国へ帰る途中だと賢者たちに話した。 その話を聞きながらもエリスはアルスとリゼの仲の良い雰囲気に嫉妬していた。 しかしアルスと話すことによりそのわだかまりも解けると、リゼとその護衛、賢者たちはハウ王国へ向かった。

　リーフハーバーで聖花の蜜を入手した賢者たちは、ハウ王国へと向かっていた。その途中、夜営をしていた賢者たちの近くでモンスターに襲われている馬車と兵士達を見つけ、アルスとシエルでその人々を救った。そして馬車にはハウ王国の王女、リゼ・ジーフォンがおり、王女たちと賢者達は共に夜営をするのであった。

賢者たちはエンスタシナ王国を出てリーフハーバーに向かった。白とアルスとエリスの3人はイトク村で預かったカードを道具屋の店主に渡しに行き、そこで花の精霊と出会い、聖花の蜜を貰った。そしてヘスティアとソイルの2人は、街の外で手合わせをし始めたのだった。

　白とシエルは竜王の試練を合格、アルスとエリス,ヘスティアはブリーズの街の事件を解決、ソイルはレイネールの事件を解決し、ゼータを仲間にした。賢者たちはエンスタシナ王国王女イリス・シルフィードの命により、オーヴァン大陸にある他の2国へ手紙を届けることになった。だがその前に西海岸にある港町リーフハーバーで道具を営んでいる者に、届け物をしに行くのだった。

　一段落着いたソイルとシエルは、久々に兄妹だけの時間を過ごしていた。その途中で白の姿を真似た何者かが襲撃してきたものの、なんとか追い返した。そして帰ってきた白とゼータにその出来事を話した後、ほかの仲間たちも帰ってきたのだった。

緑風竜王の眷属アウストロを倒すためシエルは最上級魔法の詠唱をした。白の協力もあり、風属性最上級魔法の一つ、エセリアル・グングニルでアウストロを倒し、二人は竜王の試練を突破したのだった。

閑静の丘にある風の竜王の秘境に入り、二人は試練をそつなくこなしていった。しかし最終試練に現れた翔の眷属、アウストロに苦戦を強いられた。そんな中、アウストロを倒すためにシエルは魔法を、白はそのための時間稼ぎをすることにしたのだが...

　何者かに占領されたレイネールにあるクロス博士の研究所を奪還するために作戦を立てたソイルは、博士と同じく結機族《オートマタ》のゼータと共にその作戦を実行に移した。研究所を占領していた殲誓天第九《せんせいてんだいく》:隠者《エルミット》はソイルに敗北し、闇の欠片《インフラグメント》を破壊され手先制点を離脱し、クロス博士の助手となった。ゼータはソイルに付いていき、エンスタシナ王国へと戻ったのだった。