（二十年前） 　ある朝、健治は駅構内を走っていた。故意ではなかったが、女性を突き飛ばしてしまう。急いでいたので、その場から立ち去ってしまった。しかし、突き飛ばした相手が、妊婦だったのではないかと心配になってくる。 　一方、突き飛ばされた真野貴子は、病院のベッドの上にいた。足に怪我をしただけで、母子共に無事であった。そこに刑事が捜査に訪れた。 　捜査は進展しない。そこに一人の目撃者が名乗り出てきた。目撃者の谷本ゆかりの証言から、捜査の糸口を掴む警察。 （二十年前） 　家で家族に煙たがられている山岸は、仕事も以前のような情熱がない。だが、営業の外回りだけは好きだった。 　営業先の皆川という女性が妊娠したという。その女性と話をしていて、かつての自分を思い出す。 （現在） 　皆川沙織は、就職活動がうまくいかず、悶々とした日々を過ごしていた。何となく立ち寄った「就職部」で、ある職員に出会う。 　そこで「犬の駅長」の話をされるのだった・・・・・・。

　舞台は近未来の日本。アンダータウンという街で首なし死体が発見された。被害者は、黒岩ジョー博士。四十四歳の独身男性。大学で教鞭を取る脳科学者だった。ジョー博士は四年前から脳の疾患により休職していた。 　 　捜査線上に浮かび上がったのは、家政婦アンドロイドのリンダだった。調理用のレーザーカッターでジョー博士の首を切断し、死体を遺棄した後、行方をくらましたと見られている。 　捜査本部が設置され、アンドロイドが有力な容疑者であることは、警察内部でも伏せられることとなった。捜査一課長筒井ダン警部は、リンダを容疑者として捜査にあたる特任捜査を秘密裡に組織した。任命されたのは、古田ヤマト警部補と羽川マリア巡査長だ。 　ヤマト警部補は、女性のパートナーに難色を示すが、ダン課長から彼女は優秀だと説得される。マリアは、身体の一部を機械で補うハイブリットヒューマンだった。 　二人のために、専用の捜査ベースとポッド型アンドロイドが用意された。ダン課長は数日間のうちにリンダを確保することを二人に命じる。特任捜査を拝命したヤマトとマリアは、リンダが容疑者になりうるのか、調査を開始した。アンドロイドは、人間に危害を加えないように設計されているはずなのだ。 　二人は、人工知能研究所の薬師寺博士を訪ねる。人工知能の権威は、『ロボット工学三原則』を絶対と言い切り、アンドロイドによる殺人の可能性を否定する。さらに『アンドロイドは嘘をつくことができない』と告げる。 　リンダが実在しない可能性、リンダが実は人間で、影武者リンダはスリープ状態であるなど、ヤマトたちはさまざまな仮説を検証するが、どれも成立しない。謎は深まるばかりだった。 　自体はさらに思いもよらぬ方向へ進む。リンダが出頭してきたのだ。リンダは自白して、裁判にかけられることになった。 　前代未聞のアンドロイド裁判が始まった。 　裁判結審した日、リンダは超然と法廷を後にする。ヤマトはリンダが嘲笑するように感じた。全ては終わったのだ。そのはずだった……。 　研究所で誰かと話すアスカ博士。それはにわかには信じられない事実だった……。

　目を覚ますとそこは無人島。身に思えがなく、夢かと思う太一は、頬をつねってみる。目は覚めない。仕方なく、島を散策することにした。 　島を歩いていると、ウサギの頭が草に隠れるところを目撃する。急いで、ウサギを追いかけると、今度は人の声がした。声の方向を見ると、驚く太一。なんと、ウサギはウサギでも首から下は人間ではないか。城之内アリスというそのウサギ人間は、巨木の中に入っていく。後を追った太一は、田圃に佇んでいた。 　わけがわからず呆然としているところに今度は土の中から河童のベンジャミンが現れる。太一はベンジャミンに元の世界に戻るための方法を訊いた。西の魔女に会えば、戻れると言われる。ベンジャミンと一路、西の魔女に会いにいくことになった。 　砂漠の中にあるオアシスまで行くと、水の中から現れた老人に誘われて、海底に潜り込んだ。海では息もできた。竜宮城に着き、西の魔女と面会をする。そこで太一は夢泥棒を捕まえてほしいと依頼される。 　夢泥棒を捕まえるために、西の魔女の夢に入り込んだのだが、今度はカーチェイスが始まり出す始末。訳がわからず、気づいたら今度は真っ白な空間にいた。とうとう自分は神にでもなったと思う太一だった……。