他の人間を殺してでも叶えたい願いはあるか。 魔女は１人。人間は７人。 大型ショッピングセンターが出来始めた、美山市胡央村にて。 タイムリミット時、魔女だった者の願いを叶えるバトル・ロワイアルが始まる。 主人公は美山氏胡央村の公立F高校に通う、「坂下　千智（さかした　せんち）」 彼は昼休みを高校の屋上で過ごしていると、 「魔女狩り戦争　ウィッチ・ハント」への参加登録メールを受け取る。 ゲームを降りる方法はない。 同じ高校で、ウィッチ・ハント参加者の夢原　癒津留（ゆめはら　ゆづる）と共に ゲーム最終日、クリスマスの日まで協力して逃げ切ることを決意する。 ゲーム中に出会う、同じ高校に通うウィッチ・ハント参加者、 次々に起きる不可解な出来事。 生き残るのは、誰だ。

主人公、白銀塔也は友人たちと山をひとつ隔てた向こう側の橙坂村（とうさかむら）へ旅行に来ていた。 そこである弁護士と出会う。 その弁護士は主人公に問う。 「１年前の８月２５日に起きた、橙坂森少女惨殺事件のことを知っているか」と。 主人公は驚く。 なぜなら主人公、白銀塔也は、「１年前の８月２５日の記憶がゴッソリ抜けている」からだった。 旅行中、主人公の周りで起きる殺人事件。 １年前の事件について、しつこく嗅ぎまわる謎の弁護士。 そして、謎の人物から送られる「イチネンマエノ　オマエノコウドウヲ　オモイダセ」という怪文書。 弁護士が語る、〝世界のアチラ側〟 村に棲みつく不良グループ……。 ここで問われるのは、きっと、事件の犯人ではない。 ここで、何が起きたのだろう？ これは、Mysteriaの、いいや、〝彼にとっての〟、はじまりの物語。 ――――――――――――この門をくぐる者は一切の希望を捨てよ。