全世界が新型ウィルスに侵され、世界経済が悪化。治安が悪化して各地でテロが頻発。人口が減少した世界は、各国が協力し合い国連の延長線上に世界政府を設立し、テロ集団の撲滅を図る。そんな中、世界政府に追い詰められたとあるテロ集団が核爆弾と細菌兵器を使用。地球は後100年は人の住めない劣悪な環境に陥ってしまう。人類存亡の危機を感じた世界政府は優秀な人材を厳選して大型宇宙船で宇宙避難計画を実行するが、生き残った人々の多くは地球に取り残され、わずかな資源をめぐって争いだした。そんな無秩序な社会を纏めようといくつかの組織が現れるが、結局は互いの覇権を争うことになる。その中の一つ、新地球連合軍の幹部は遺伝子操作によって人類をより強靭な生命体へ改良しようとしていた。その為に彼はある遺伝子を探していたが、その遺伝子を持つと考えられる青年は既存組織に反発する革命ゲリラの一員だった。

舞台は日本の戦国時代を彷彿とさせる架空の世界。 元領主の娘、暁は出自を隠して山奥に隠れ住んでいたが、ある日山で鬼に遭遇する。鬼に魂を喰われかけた暁だったが、「不味い」という理由で食い殺されずに済む。 その後、暁は山で迷っていた現領主の成頼を偶然助ける事になり、かつての父の城に向かう。 同じ頃、暁の弟、春彦は身の上を偽って城仕えを始めたところだった。 城で再会を果たした姉弟は、父の城を取り戻そうとお家再興を画策するが、その矢先、例の鬼が暁を攫ってしまう。 鬼に連れ出された暁は、何故か鬼の「探し物」を手伝う羽目になり、鬼に連れられて故郷を後にする。 旅先で暁は数十年前に都を荒らしまくった凶悪な鬼の伝説を耳にする。 暁を攫った鬼、「那由多」と伝説の鬼、「一壺天」。 呼び名は違うが同一とも考えられる二者の関係がやがて明らかになり、旅を通して世間を見ることで暁も成長して行く。