桜花カフェでチョコレート・メテオ・ケーキが爆発し、ハナの笑顔が響く中、新たなミッションが下る。最終次元「クロノ・エターニティ」では、時間と空間が混ざり合い、エクリプスの最終兵器「クロノ・オリジン」が全存在を脅かす。ハナ、ユキ、ミオは宇宙服に身を包み、時空の迷宮で戦う。少女から託された「起源の鍵」が示す真実、ルナの冷酷な過去、レイラとの融合がハナを試す。時間ブレードとプラズマキャノンが火花を散らし、家族の記憶がミオを揺らす。ユキとカエデの絆が修復され、クロノ・オリジンの暴走を止める戦いが幕を開ける。時間逆行でリセットされたカフェに戻り、新たな「次元ゼロ」の声が響く