西暦2045年、脳科学技術の革命的進歩により、人類は電脳世界「サイバースペース」で自由に創造活動を行えるようになった。しかし政府は税収確保と国民統制を目的として「快楽税法」を制定し、すべての電脳娯楽を政府管轄下に置こうとする。 主人公の佐久間勇司は現実世界では極度に内気で女性と話すこともままならない32歳のモテないシステムエンジニア。しかしサイバースペースでは「ユウジ・マスター」として活動し、孤独に苦しむ人々のための恋人体験プログラム「パートナー・シミュレーション・システム（PSS）」を開発する天才創造者だった。 快楽税法により彼の作品は「闇の快楽」として処罰対象となるが、佐久間は同志たちと共に「サイレント・レボリューション」を結成。政府認可プラットフォームで検閲を通過したプログラムに真の機能を隠す分散型システム「リベレーション・ネットワーク」を構築する。 活動の中で佐久間は美しい女性創造者「レジスタンス・ローズ」と出会い、創造への情熱と愛を育む。しかし彼女の正体は、なんと同じ会社で働く同僚の高橋恵美子だった。現実世界での偶然の再会により、二人の関係は新たな段階へ。