Dr.キューブが作り上げた『キューブシステム』理論は核エネルギーに変わる新たなエネルギーとして、また医療分野での活躍も期待された画期的なシステムだった。 しかしそのシステムは残念ながら、戦争の兵器として使われる事になった。 『ニンゲンヘイキ』と呼ばれる人間型の殺人兵器を使い内戦が始まったのだ。 これに対抗するべく対ニンゲンヘイキ部隊が結成された。だが圧倒的なニンゲンヘイキ の物量にどんどん部隊を追い詰められていった。 それに加え特務部隊長の裏切り、総司令官の殺害など更に部隊は窮地に追い込まれていた。 そんな中でも抗い続ける対ニンゲンヘイキ特務部隊『蒼の風』の部隊たちがいた。 彼女の名はセツナ、人は彼女を『翠輝《みどり》のセツナ』と呼んだ・・・。

アタシは一人称で名乗る透という名前の女。 色盲で周りにいじられたりして 現実に飽き飽きしていた。 その結果、基本モノクロの世界である 小説や漫画にのめり込み、一気買いをしていた。 そんなある日、いつものようにコンビニの漫画棚を 漁っていると外から車にコンビニに突っ込まれた。 そして気がついた時には少女がおり、 色の世界に行ってもらう。 そんな感じのことを言われた。 これから透の色の世界を変えるたびが始まる。

核兵器に代わり『ニンゲンヘイキ』と呼ばれる人造兵器が戦争に使われる時代・・・。 だが、ニンゲンヘイキの中に自我を取り戻す突然変異が現れた。彼らは戦争を終わらせる 為、『ニンゲンヘイキ』の製造元であるイド帝国に戦いを挑む。 様々な矛盾や後悔、罪を背負いそれでも彼らは前へ進むのだった・・・。