『真・恋姫†無双 聖フランチェスカ学園物語』の北郷一刀 『あっぱれ！天下御免 八雲堂風雲録』の秋月八雲 『戦国†恋姫〜乙女絢爛☆戦国演義〜』の新田剣丞 決して出会うことがないとされる三人が出会う時、新たなる戦いが幕を開ける。

トウキョウのどこかにあるという学園都市大江戸学園。この学園は日本のようで日本ではなく、現在のようで現在でない、学園のようでただの学園ではない。それが『大江戸学園』。江戸時代風なこの学園を襲う様々な悪を秋月八雲とその仲間達が解決する！「仕合」と「出会い」の学園に繰り広げられる天下御免のチャンバラ物語がここに幕を開ける！

架空のニホン国の未来を担う若者を育成する為、トウキョウ沖にある島に作られた名門校・大江戸学園ニホンのサムライ魂の復活を標榜するこの学園島には10万人もの生徒が暮らしており、腕に覚えのある者には日本刀の帯刀が許されていた。 だが、生徒達の代表として学園を統治していた 将軍が謎の失踪を遂げ学園の治安は大いに乱れていた。 そんな混乱執行部老中で会計部長“酉居 葉蔵”が暫定執行部を牛耳っていた。 彼はニホン国名家の一つ酉居家の嫡男で、名家の銘にこだわる選民思想と特権階級的思想の持ち主であり 、大江戸学園を完全な階級制度かつより強固な中央集権にしようと目論んでいた。 治安が乱れ、お偉い方のとんでもない思想に気づいた一部の生徒は いっその事を幕府一旦潰して新しき政権を作った方が良いのでは？という事を考えた。 幕府はこれらの生徒を 治安と幕府体制を崩す危険思想な生徒達と呼んだ。 この物語はそんな彼等の物語である。