舞台は世間から隠された孤島〈ニンジャガ島〉。 ここに四百年前から生き続ける一族が住んでいた。 今時忍者に需要があるのか――あったのだ。 一族が現在に至るまで生き続けられるくらいには。 存在の在りかたは時代の流れとともに姿を変えながら、島から出た成人が新たな血を生み引き継いでいる。 一族にはいくつかの掟がある。 生まれた子は一定期間、島内で過ごすというのもその一つ。 一族は真正忍者を育成するため、毒された現代社会から子どもたちを隔絶し、ひっそりと、おおらかに育てているのである。 僕こと、永崎英司は小学六年生。 代々引き継がれた忍びの血を繋ぐべく島で育つ子どもの一人。 隠密忍者の頭目を父に持ち、島の学校で社会に出るための知識を学び、由緒正しき忍者となるため日々修行に励んでいるのだ。