『命炎』と呼ばれる生命エネルギーを利用できるようになった近未来世界での日本。 　『命炎』は日常で使用されるエネルギーとして一般化し、それだけでなく、そのエネルギーを軍事利用した『心装』と呼ばれる特殊な兵器も開発され、世界情勢は一気に覆った。 　『命炎』を国家事業として開発していた日本は、その力を背景にして東南アジアをはじめとするアジア・オセアニア地域を統括する超大国『東洋連邦』を結成し、次代の日本を守る『心装』使いを育成する機関、『次世代における新エネルギー開発のための高等教育の為の教育機関十二校』通称。十二学院を開設する。 　その十二学院の一校東方学院に、訳あって通うことになった少年『葉隠・剣刀（はがくれ・けんと）』は、ひょんなことから学院の『百合姫』とも呼ばれる美少女『九重（ここのえ）・アリス』と出会い、やがて数奇な運命へと巻き込まれていく。