地球温暖化が進み、人が住めなくなった地球。かつて東京だった場所には巨大地下都市『楽園(エデン)』が建造されていた。 そこでは巨大コンピュータ『マザーBC』が国民を管理していた。楽園では優秀な科学者達がゴキブリの進化の秘密を解き明かし人類を進化させるための種、SI-DOワクチンの開発に成功。約1年で全住人はSI-DOを持つことになった。 やがてSI-DOを開花させた住人が能力者となりマザーBCは能力者はAランク、そうでないものをBランクと認定しランク制度を実装した。 Bランクの破村壊斗(ハムラカイト)はそんな楽園で生きるごく普通の高校生だったがあらゆる事象を破壊する能力を開花させ、能力者として覚醒する。 そして壊斗は世界を変えることを決意する。 世界を変革させようとする能力者、破村壊斗と世界を守護する能力者達の戦いが今始まる。