人の生が人工知能に委ねられた遠くない未来。三度目の世界大戦から復興した日本は人工知能と都市再生開発によって経済的繁栄を遂げた。ＡＩ統治システムの導きで誰もが幸福になれる時代に、一人の少年『南雲武瑠』はシステムの導きを拒絶して都市の守り手である第三の組織『シティ・ガーディアン』に入隊する。そして四年後、幼馴染みの『都留桜花』も彼を追って入隊することとなる。 そして、以前の彼から随分と様変わりした南雲との再会を果たし、彼女は『シティ・ガーディアン』を通じて裏の世界を知ることとなる。 都留は現実と理想の間で葛藤し自らの存在意義を問う。人とは何か、人間とは何か。人間と人型、その狭間で彼女は何を見る。