2011年3月11日、大きな揺れの後、私は御茶ノ水の職場から徒歩で池袋駅へと向かっていた。しんしんと冷える戸外で、かつて愛犬を連れ、車中泊旅行で日本一周の冒険をした時に知り合った老夫婦のことを思い出す。私はほとんどつけ回るようにして、行く先々で彼らと遭遇していた。旅先で出会ったバイク旅のイラン人青年との淡い恋と別れ、そして老夫婦の愛情と妻の突然の失踪を経て、彼らの過去を知るにつけ、私の夫婦への憧憬は募っていったのだった。しかし悲劇は突然訪れた。

警視庁捜査第一課の刑事、服部悠蔵(ゆうぞう)（２７）巡査部長は、上司から突然〝火星行き〟を命じられる。火星連邦の七福(しちふく)地区にて、保安局の取締官に着任せよというのだが、それは表向きの話で、真の目的は火星で進行中のクーデター計画の阻止だった。 悠蔵は母に別れを告げるため実家に戻ると、二十年前に失踪した父が遺したある巻物を手渡される。それは〝伊賀流忍術の虎の巻〟であり、先祖は伊賀流忍者の開祖で、悠蔵はその末裔だという。悠蔵は虎の巻を持ち、火星へ発った。 火星連邦保安局取締第三課を訪れると、サザエ・チャン課長やマルコ・ヴェッキオ、その他の仲間たちが出迎えた。悠蔵の当面の任務は違法滞在者オーバーステイヤーといって、悠蔵の任務は《人体改変禁止法》違反者の取締りである。自らの肉体を科学的に改変する者たちがおり、人体を遺伝的機械的に改変した場合、それは人体改変禁止法違反になる。 翌日早朝、官舎で目を覚ますと、隣に見知らぬ少女が寝ていた。悠蔵はびっくりして飛び起き、少女の素性を問いただすと、地下施設から逃げ出してきたという。仲間のほとんどは殺されたと言い、少女はかくまってほしいと懇願する。彼女には首の後ろの識別番号ＩＣチップがなかった。いわゆる〝無登録〟であり、火星においてそれは絶対にあり得ないことだった。悠蔵は少女の話を信じ、部屋にかくまうことにする。聞けば、少女には名前すらない。悠蔵は〝サクラ〟と名付けてやる。 その日の午後、七福の辺境にて、〝無登録〟の少年少女らの遺体が発見されたとの連絡が入った。マルコとともに現場に駆けつけると、少年少女らの遺体には無数の傷痕が残っていた。悠蔵はそれが刀や手裏剣でつけられたものだと気づく。この火星には悠蔵の他にも忍者がいるのだ。 ＤＮＡ解析によれば、惨殺された少年少女は、違法に遺伝子を改変してつくられた人工人間である可能性があるという。サクラもまた人工人間であると知りショックを受けるが、悠蔵はサクラを守り抜くと心に誓い、マルコとともに本事案の捜査に乗り出す。

埼玉県逆戸に住む高校生・十塚始の元に、ひまわりと名乗る不思議な エルフ美少女が現れた。 その時を境に彼の人生は七転八倒な数々のトラブルに見舞われることと なるのだった――