時は19世紀後半＿＿＿＿＿維新後間もない明治の日本。 かつて妖の力を借りて江戸幕府を倒した維新政府は、倒幕を成し遂げたのが妖のおかげであるという事実を隠蔽すべく、思想の近代化と治安維持を名目に妖追討令を発布し、人間に仇なす妖を退治する方針を定めた。 しかしそんな裏切りとも取れる明治政府のやり方に憤慨したのか、政府に反旗を翻し人間に仇なす妖が増え、この国は日常的に妖による人食い事件が起こり、いつ幕末の動乱期に戻ってもおかしくないような混沌とした時代を迎えていた。 そんな幕末維新から10年後、人間と妖狐の血を引く妖人（半妖）の少女・白尾 狐雪は愛刀である雪血華を手に取り、人間と妖が共存できる平和な世の中のために、私利私欲で妖を利用する悪人や人を襲う凶悪な妖と闘っていた。 それ故彼女は、とある事故で140年後の未来からタイムスリップしてしまい勝手に巫女にされてしまった外見以外はいたって普通の男子大学生・博玉 霊璽郎と共に、様々な怪事件に巻き込まれることになり、同時に政府直属の妖討伐部隊である狼士組やかつて幕末維新で活躍した妖たちなど、様々な人や妖と関わり合っていくことになる。