父が優秀な魔術師で、自分も魔術師にあこがれる主人公時輪守。しかし彼には才能がなく、父も愛想をつかして出て行ってしまう。 しかし、守は折れることなく「健全な精神は健全な肉体に宿る」と信じ、肉体を鍛え、魔術へのアプローチを続けた。そして十八歳の誕生日。父から贈られたプレゼントの所持者を魔術師にする魔道具、《時計仕掛けの魔術師|クロックワークマギ》を手に入れたことで、「本」の魔術師、犬飼羊のへ弟子入りし「時」の魔術師となる。 修行の日々が続き、ある日。羊から「星」の魔術師、星宮真滅の討伐への協力依頼を受ける。魔術師教会の裏側に絶望するが、「世界から魔術師を消す」という真滅の目的を阻止するため、真滅との対決に赴く。 　無事に真滅を陰謀を阻止したかに見えたが、真滅の《時計仕掛けの惑星|クロックワークプラネット》が発動してしまう。守は自らの命と引き換えに時間を巻き戻し、真滅の計画を阻止する。 　心臓が停止した守に泣きつく羊。そこに現れたのは、姿を消した守の父にして「心」の魔術師、時輪想だった。 　想は魔術で守の心臓を復活させると、守に会うことなく去ってしまう。 　守は父に認められるため、魔術師の道を進むのだった。