藍川アイサ・スチュワートによって逮捕された喜多川刹那は、船で流され、監獄へと運ばれていた。 　 　絶海の孤島にある監獄、エフティシア。そこでは労働をひたすら行い、自分で稼いで生きていくという自由な場所だったのだが、その裏には刑務官が収容者を無差別に処刑を行うという習慣が根付いている場所だった。 　監獄の素性を知った刹那は絶望していたが、貴船結慈と糸島彩と合流し、反逆軍への勧誘がかかる。反逆軍へと入った三人だったが、そこで知ったのは未来政府とエフティシアによる『とある機密作戦』だった。 　セツナドライブシリーズ第三弾、大監獄エフティシアを巡って、再び彼らの戦いが始まる！

二年前、とある事故がキッカケで命を落としてしまった喜多川刹那は、藍川アイサ・スチュワートと貴船結慈によりサイボーグとしてこの世に復活した。 刹那は自らの身分を隠す為、高梨刹那と名乗り、セツナドライブの正社員として働く中、しかし、復活した刹那にはかつての記憶が全く無かった。 記憶が無い事を葛藤に、刹那は記憶を取り戻すため行動をとるが、そこには未来政府の『とある思惑』が絡み合っていた！ セツナドライブシリーズ第二弾、ここに開幕！

大学を卒業した喜多川刹那は就職が決まらず途方に暮れていた。 就職面接を受けて、四〇〇社。その内採用数は〇。 進路が決まっていく友人を背に、就職活動に絶望を感じている中見つけたのは、一枚の張り紙。株式会社セツナドライブの正社員募集だった。 刹那は会社の活動方針を良く理解しても無く、すぐさま闇雲にセツナドライブの就職面接を受けるのだが、そこは時空を調整する事を生業とする企業だった。