前作『ホムンクルスの箱庭』の続編となります。 　 　紅牙を助け出したアインたちは、犯罪組織『アルスマグナ』に追われながらもようやく手に入れた平和な日常を過ごしていた。 　紅牙はアインたちが思っていたよりもずっと食いしん坊でのんびり屋で、かっこいい兄とは程遠いイメージでどこぞの王様のように『喰っちゃ寝ニート』とか呼ばれてるけど、それでも皆は毎日を幸せに暮らしていた。 　しかし、それはあくまでも仮初の平和だということを理解していた彼らは組織に対して先手を打つことを考え始める。 　だが、それよりも早く組織からの刺客が彼らのもとに送り込まれた。 　ソフィとアハトの恋愛模様や、賢者の石を持つ刺客たちとの戦い、後半の物語で究極にヤンデレたツヴァイをご覧いただけます。 　賢者の石に宿る７つの大罪を巡る物語。 　大罪の呪縛を乗り越え、彼らは賢者の石の真実と向き合うことになる。

　『アルスマグナ』は表向きは錬金術師たちが所属する、世界に貢献するための巨大なネットワークを持つ組織だ。 　しかし、その実態は子供たちを攫い、残酷な実験を繰り返す犯罪組織だった。 　組織に所属する賢者の石の実験体アイン、賢者の石の実験の失敗作であるツヴァイ、精神干渉の実験を行われたフィーア、他の派閥から送り込まれたソフィ、同じく、他の派閥で人体実験を行われたアハトの５人は、組織からの離脱を目論む。 　離脱のネックとなっていたツヴァイを救うために必要な竜の心臓を手に入れた一行は、儀式の方法を求めて水の街『ファニア』を訪れるが、そこに追手であるフェンフとゼクスがやってきたことによって戦闘を余儀なくされる。 　賢者の石の力を使いようやく追手を倒した一行は、ツヴァイを救うためにはやはり組織との接触は避けられないと覚悟を決め、敵の本拠地に乗り込んだ。 　しかし、そこで待っていたのは育ての親たちとの戦い、そして、ヌルと呼ばれる最初の実験体との邂逅だった。 ※感想でいただいた意見をもとに、８月１８日にあらすじを変更してみました。