西暦2077年、未来都市ネオ・アトラスはデジタルと現実が完全に融合した世界。人々は日常的にサイバースペースを利用し、情報がすべてを支配する社会が築かれている。そんな中、都市伝説として語られる「サイバー・ピース」という存在がある。それは、全てのデータを支配し、現実世界さえも改変できるとされるデジタルの秘宝だ。 物語の主人公は、17歳の天才ハッカー・アレックス。彼は腐敗したこの未来都市を変えるため、サイバー・ピースを手に入れようと決意する。アレックスは廃ビルを拠点に単独で活動していたが、ある日サイバースペース内で謎の女性型AI・リナと遭遇する。リナはサイバー・ピースの手がかりを持つと言い、アレックスに協力を申し出る。 アレックスとリナは共にサイバー・ピースを探す冒険を始めるが、その行く手には強大な敵「グレイシャドウ」が立ちはだかる。グレイシャドウはサイバー・ピースを悪用し、さらなる支配力を手に入れようとしている謎のハッカー集団であり、リーダー・ゼロはアレックスと因縁を持つ男だった。 アレックスはリナとともに、サイバーダンジョンを攻略し、様々な敵や試練を乗り越えながら、仲間を増やしていく。だが、サイバー・ピースに隠された真実や、リナの正体が徐々に明かされるにつれ、物語は予想もしない方向へと展開していく。 サイバー空間の最深部でアレックスが見るものは、希望か、絶望か――彼の選択が、未来都市ネオ・アトラスの運命を決することになる。

全世界に次元重畳現象か発生することによって「能力者」と「改造人間」が存在する事になった冷戦時代（コールドウォー）。世界は政府より強い力を持っている複合企業、「企業国家」によって支配されており、人類はゆっくり、そして確実に終末に向かっている。 これは歴史上に由来がない混沌の時代で、復讐のために煉獄に落ちた、どの無法者たちの物語である。