キューボイドと呼ばれる仮想人類が住むデータ世界。そこに生まれた技術者のミューは、体制管理ボットであるゴーストの群れから、シグマ博士の手助けによって過去の下層シミュレーター世界に逃れる。そこは現実世界の人類がアバターを操作するセカンドライフと呼ばれた仮想世界だった。ミューは上層データ世界を体制支配から救うため、原初のゴーストである『ドロシーの幽霊ボット』を探す。その所有者はＳＬ指名手配犯ドロシーであった。そして、ドロシー邸には謎の人物が集まりつつあった。ミューは過去世界の資料であるエルザノートを参考に、初心者支援施設『スワロウネスト』へ赴く。そこで経営されるカフェには、スタッフである古参たち『ツバメの会』の面々があった。