世界は混乱のただ中にある。大きな戦争を四度経たこの世界で四度の災害で地球は荒れ果てた。 地球のアイスエイジ化、次世代疫病の蔓延、新生物の脅威、そして自転磁極軸反転《ポールシフト》。 人類は地上を棄て、二手に分かれた。宇宙へと旅立つグループと地下へと逃げ込んだグループ。 そしてこれは地下へと逃げ込んだ人類の話だ。 根暗で偏屈、屁理屈と悪知恵ばかりが働く少年であるジャック・ハロウィーンは少し前から街の中に現れた落書き（グラフィティ）を楽しみにしていた。 そのグラフィティには数式が隠されていて、それを導き出し『キューブ《CUBE》』を創り出した。 そのキューブ《CUBE》恐ろしい機能があった。 図らずもそれを用い暗黒街の悪党たちを刺激してしまう。身を狙われ、逃げ回る最中で出会ったのは『イレーシング・ネクロ』と呼ばれる技術で再誕した兵士の少女だった。