『流砂は人を呑み、人を繋げる。』 　世界は地下からあふれ出した白い砂によって覆われた。 　未曽有の大災害の中、人々は砂に浮かぶ壊れた家の屋根や、小型ボートの上での暮らしを余儀なくされていた。 　そんな時――砂を割って巨大な石に支えられた大陸が浮かび上がる。 　後に楽園島と呼ばれる島は人々を大いに活気づけた。 　だが、楽園島は砂面から離れて空中に浮かんでいく。 　運良く楽園島の上に立った人間と、唖然と見上げるだけの人間が生まれた。 　那須平（なすひら）は後者となった。 　小さなゴミ島で楽園島の様子を窺いながら、奇妙な縁で那須平と生活を続ける三名。 　自分の非力さを嘆きつつも、何とか前に進もうとする――久代朱里 　仲間の為に自分にしかできない仕事を全うしようとする――平未久 　楽園島にいるはずの娘を想い続ける――岩峰二郎 　 　――四人は流砂を越えていく。

　東京オリンピック2020の開会式に行った新井陸。気がついたらそこは、2050年の日本だった。 　生物兵器を用いるテロ組織BFG（Biotechnology for God）によるウィルスを用いた襲撃から30年後、サンプルとして凍結保存されていた少年は目を覚ました。そして今、その少年は国家公務員の『スパイ』に任命されBFGの調査を開始する！ これだけでも訳が分からないのにパートナーとして紹介されたのは頭のおかしい物理学者,その他チームの仲間は変人ばかり。こんな状態で日本は生き残ることが出来るのか…この国の未来は彼らに託された！

　２０６７年、『ゲート』が開発され世界は変わった。誰でも２地点の間を一瞬で移動できるこの装置の発明によって、人は距離に縛られることがなくなった。 　２１１６年　木星圏……。　 ガニメデでゲートの開通作業をしていたゲーニーは遅れているユニットの到着を待っていた。どうにかしてガニメデに運んだゲートのユニットを接続しようとしたとき、大規模接続障害事件が発生した。