警務隊特務第一課異形討伐係、通称「駆除係」に務める浅原リョウは、契りを交わし使役しているシキ「エンベッド」と共に職務をこなす。駆除係はシキの特殊能力を駆使しながら街に蔓延るバケモノを街から駆除することが職務である。しかし職務としてだけでなく、浅原リョウにはある隠れた目的があった。それはかつて幼馴染を殺したバケモノに復讐をするというものだった。この秘密は同じ駆除係に属するメンバーしか知らず、他の誰にも明かしていないことである。そんな時、メンバーの1人、云山コムギがそのバケモノと特徴が一致するバケモノが町で暴れていることを聞きつける。浅原リョウは暗い過去を思い返しながらその場所へと向かう。