2039年、量子コンピューターの開発競争で後手を踏み弱体化し搾取され続ける日本。年間15万人もの自殺者。終わりかけたこの国を救ったのは、T大爆速PC研究会室長、三島祐樹だった。もはや、チート的な性能を見せるフォトンコンピューターJUNAを開発。その後数カ月で日本が、世界を支配する。しかし、哲学者・思想家であり、最強のサイエンティストである三島祐樹だが、JUNAの悪魔的な力と美しさに魅了されていく・・ そんな中200年後の日本のとある平行世界γ世界戦線上に、思念体で物理ボディにダイブした桐谷恭介は、すべてを忘れ別人となって生活していた。しかし、、その潜在意識には、あるオペレーションが、隠されている。

時は六色帝国時代。六つの巨大な色帝と呼ばれる銀河帝国が、銀河の覇権を求め終わる事のない千年戦争を続けていた時代。銀河の中枢でありながら究極の辺境の地で廃惑星に落下したＢ級人類の青年クライド・ボル・メトレノイヤは、廃惑星の上で複素光子体（コンプリメント・フォトニクスボディ）の少女、プリメーラ・アルフォーレシードと出会う。偶然の出会いは銀河に胎動のきっかけを与え、二人は銀河戦争のまっただ中へ、『地球』に出会うため、機動要塞戦艦『アルフォーレシード』を駆り旅立つのだった。(１０年ぐらい前に書いた、原版の第１章に対して、後々でプロットの再構築やら世界設定の大改変をして世界感の再設定をすると、第１章で物凄い手続きを経ないと主人公宇宙戦艦飛ばしては駄目な事に気付いて、今の第１章は丁寧に書いているので、第１章が異常に長くなってますが、御了承下さい）