ごめんな、こんなにきれいなのに、消すことしかできないんだ―― 神経をつないでリアルなＶＲ体験を実現する「ＶＲＭＭＯ」が流行する2045年、日本。 　大人気だったＶＲＭＭＯ「ATLAS」に致命的なバグが発生した。接続プレーヤーの命を脅かす、深刻なものだった。しかし、修正しようにもニューラルネットワークを駆使して作られたシステムは、最早人力での改修が追いつかない、「変化するプログラム」となっていた。 　プロジェクトにいた神林は、異例の「ログインドデバッグ」のメンバーに選ばれ、「Admin9」権限でログインすることになる。 　手にしたモジュールで修正作業を始める神林は、モニタのときには思いもしなかった「世界の姿」を目撃することになる。