とある島国は、二つの国家に分かれていた。 東に位置する旧ニッポン帝国は緑豊かではあるが鉄などの資源が乏しく、西に位置する真ニッポン帝国は資源が豊富な反面、貧困に喘ぐ民が明日に希望も見出せず生活をしていた。 思想が相反する二つの国家は、やがて想いの力で発動する共鳴石という不思議な石の力で動く人型戦闘機『ガルゼノン』を利用し、戦争を始めてしまうのだった......。 冴えない今年三十路の男、阿久津奏助は自らの強い想いに反応したガルゼノン『黎明』のパイロットとなってしまう。 ガルゼノンと共鳴した奏助に与えられたのは特別な力である共鳴能力（レゾナンスアビリティ）と、同じく共鳴能力を身につけたガルゼノンパイロットたち。 彼らも奏助と同じように、それぞれ強い『信念』を胸に抱いて戦争へとその身を投じていく。