幼馴染の秋と宙と下校途中、シンは近所に出没する老人の幽霊の話を訊かされる。 恐怖心を抱きながらもシンは一人でその老人がいるとされる帰り道を歩いていると、噂の老人とシンは出会ってしまった。 持ち前の逃げ足で老人が消えてしまうという小屋に逃げ込むが、恐怖のあまり気絶してしまう。 しかし、目が覚めると気絶の介抱をしてくれたのは老人で、生きた人間。秋の話は所詮ただの噂だった。 その老人は博士と名乗り、地下に住んでいた。中等部を小等部と間違えられたのをきっかけに仲良くなっていく中で、博士は『人口神隠し機械』を作り上げたと教えてくれる。 半信半疑のまま、その機械の中に入り込み真実を確かめたシンは別の世界 ――つまり『異世界』へと辿り着いていた。

ある世界のエスフェルソ・ストックと言う名の少女は貴族としての自分の立場に悩んでいた。 同時期、ある世界の北原隆文は憧れの先輩へ告白するという歴代にまで受け継がれるデマカセの汚名を着せられ、今ある人生から逃げ出すことを決意する。 そして、予想外の出来事が起き、隆文が異世界へと降り立った時。 二人は出会う。